Cеместр 2: Cравнение биологических текстов
на примере аминокислотных последовательностей


Блок 1
. Общие принципы сравнения последовательностей.
  1. (8 фев) (2 час)
   

Банки данных белковых последовательностей или первая прогулка в Интернете по «золотым» адресам (ПСН)
Студенты знакомятся с базами данных - Swiss-Prot, TrEMBL, UniProt, а также делают первую попытку что-нибудь в них найти.
[задания] [ключевые слова] [материалы] [презентация]

  2. (16 фев) (2 час)
   

Искусство поиска или SRS (ПСН)
Преподаватели рассказывают о том, как правильно построить запрос в системе SRS, студенты учатся работать с логическими операциями и создают первую пробную выборку а.к. последовательностей.
[задания]
[ключевые слова]

  3. (22 фев) (2 час)
   

Эволюция белков. Что такое выравнивание и "цена гэпа"? (ПСН)
Преподаватели рассказывают о путях эволюции а.к. последовательностей, студенты узнают, что такое выравнивание, и пытаются вручную выравнять заданные последовательности.
[задания] [ключевые слова] [материалы] 

  4. (2 мар) (2 час)
   

Эволюция белков. Матрицы замен аминокислотных остатков (ПСН)
Преподаватели рассказывают, что такое Blocks, Blosum и PAM, а студенты пытаются создать свои матрицы замен. ...
[задания] [ключевые слова]

[форма отчета за первый блок] [консультации]

  
Блок 2. Выравнивание
  5. (11 марта) (2 час)
   

Первое знакомство с командной строкой операционной системы UNIX (САС)
[задания]
 

  6. (18 марта) (2 час)
   

Парные выравнивания (ПСН)
Преподаватели объясняют, что такое карта локального сходства двух последовательностей и рассказывают об алгоритме Нидельмана – Вунша. Студенты строят оптимальное выравнивание двух коротких последовательностей, применяя этот алгоритм.
[задания]

  7. (25 марта) (2 час)
   

Программы построения выравниваний из пакета EMBOSS (ПСН)
Преподаватели рассказывают об алгоритме Смита – Ватермана и о программах построения выравниваний из пакета EMBOSS. Студенты строят глобальные и локальные выравнивания.
[задания]

  8. (1 апреля) (2 час)
   

BLAST - инструмент для быстрого поиска последовательностей в банках данных по гомологии (ПСН)
Преподаватели рассказывают о том, что такое BLAST. Студенты ищут гомологов с помощью программы BLASTP.
[задания]


[форма отчета за второй блок]

  
Блок 3. Семейства белков
  9. (15 апреля) (2 час)
   

Что такое множественное выравнивание? (АБР)
Преподаватели рассказывают про алгоритм работы глобального множественного выравнивания Clustal. Студенты строят множественные выравнивания, сравнивают их с "золотым стандартом" из BAliBase и анализируют расположение консервативных позиций на трехмерной структуре с помощью Rasmol.
[задания]

  10. (22 апреля) (2 час)
   

Паттерны, профили. База данных PROSITE. (АБР)
Преподаватели объясняют, чем профили отличаются от паттернов. Студенты строят паттерны для участков множественного выравнивания и проводят поиск последовательностей по построенному паттерну, а затем определяют все известные мотивы в последовательности своих белков.
[задания]
[стандартный формат паттерна]