Московский семинар по биоинформатике

  Семинар "Алгоритмы биоинформатики"

  Онкоиммунология - Третье тысячелетие

  Разные конференции по биоинформатике

  Гранты

Школа FutureBiotech. Клязьма, 6-10.08.2012
• М.С.Гельфанд. Биоинформатика – получасовой обзор (приглашенная лекция)

Школа-конференция «Синтетическая биология и проектирование биоинженерных устройств». Москва, 11.07.2012
• М.С.Гельфанд. Сравнительная геномика и метаболическая реконструкция (приглашенная лекция)

Shool Genomic Data Analysis. Novogorsk, Russia, 02-11.07.2012
• M.S.Gelfand. Bioinformatics: A one-hour overview (invited lecture)

The 8th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure / Systems Biology. Novosiborsk, Russia, 25-29.06.2012
• A.D.Kaznadzey, P.V.Shelyakin. Diversion of genome loci and co-localization patterns study of the protein families from different functional classes of the bacterial carbohydrate mechanism
• M.D.Logacheva, R.A.Sutormin, S.A.Naumenko, N.V.Demidenko, D.V.Vinogradov, M.S.Gelfand, A.A.Penin. A draft genome sequence of tartary buckwheat Fagopyrum tataricum
• M.Pyatnitsky, I.Mazo, N.Daraselia, M.Shkrob, E.Kotelnikova. Cluster analysis of significant regulators as new approach to patients subtyping
• M.Pyatnitsky, E.Kotelnikova, M.Shkrob, A.Ferlini, N.Daraselia, I.Mazo, E.Schwartz. Novel approach to meta-analysis of microarray datasets for identification of new biomarkers and potential drug targets

Russian-Germany Seminar«Regulation and Evolution of Cellular Systems” Moscow, Russia, 20-23.06.2012
• Y.Kurmangaliev. Functional implications of splicing polymorphisms in the human genome (short talk)
• S.Denisov. Positive and negative selection in splice sites (poster)
• R.Soldatov. Statistical methods of comparative genomic analysis based on diffusion approximation (poster)
• I.Suvorova. Comparative analysis of the GntR-family transcription factors and their binding sites (poster)
• S.Vinogradova. GA-rich binding sites of lncRNA HOTAIR (poster)

Int. Conf. “Instabilities and Control of Excitable Networks”. Dolgoprudny, Russia, 25-30.05.2012
• M.S.Gelfand. Networks in molecular biology (invited lecture)

IEEE Int. Symp. on Biomedical Imaging ISBI’2012. Barcelona, Spain, 02-05.05.2012
• G.V. Ponomarev, M.S. Gelfand, M.D. Kazanov. A multilevel thresholding combined with edge detection and shape-based recognition for segmentation of fetal ultrasound images. IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Barcelona, Spain, 2012. (1st Prize at Fetal Femur Challenge: Biometric Measurements from Fetal Ultrasound Images)

Отчетная конференция по программе фундаментальных исследований ПРАН «Молекулярная и клеточная биология». Москва, 18-26.04.2012
• М.С.Гельфанд. Трехмерная структура и функциональное состояние хроматина (доклад)
• И.Суворова. Исследование сайтов связывания и их окружения для транскрипционных факторов семейства GntR (доклад)

Конференция молодых ученых «Молекулярная и клеточная биология: практические аспекты». Москва, 13.04.2012
• П.Мазин, Ф.Хайтович. Возрастные изменения сплайсинга в мозге человека, шимпанзе и макаки (доклад)

16 Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых «Биология – наука XXI века». Пущино, 16-21.04.2012
• М.С.Гельфанд. Молекулярная палеонтология (приглашенная лекция)

Современные проблемы молекулярной генетики: эволюция геномов, регуляция экспрессии генов, онкогенез. Москва, 26-27.03.2012
• М.С.Гельфанд, Е.Е.Храмеева, А.А.Миронов, Г.Г.Федонин. Пространственно близкие области генома находятся в схожем эпигенетическом состоянии (приглашенный доклад)

The 8th Winter Symposium on Chemometrcs “Modern Methods on Data Analysis”. Drakino, Russia, 27.02-02.03.2012
• E.E.Khrameeva, G.G.Fedonin, M.S.Gelfand. The impact of interchromosomal associations on the functional state of the human genome (talk)
• P.Mazin, M.Gelfand, P.Khaitovich. Age changes and tissue differences of alternative splicing in the human brain (talk)

Seminar at University of Texas, Brownsville, 14.02.2012
• M.S.Gelfand

Научная сессия ОНИТ РАН в честь 50-летия ИППИ РАН «Фундаментальные проблемы передачи и обработки информации. Москва, 07.12.2012
• М.С.Гельфанд, Г.А.Базыкин. Биоинформатика: что ДНК говорит нам о жизни и ее истории

ISBA16. Mexico, Dec. 2011
• E. Ian, O.N. Sekurova, D. Malko, E. Fjaervik, H. Bredholt, M. Gelfand, S.B. Zotchev. Actinomycetes from two marine sponges collected in the Norwegian fjord: diversity and clues on marine adaptation from the draft genome sequence analyses

The 17th Nitrogen Fixation Congress. Fremantle, Australia, 27.11-01.12.2011
• J. Jalovaja.Comparative-genomic reconstruction of the nifa regulon evolution in alphaproteobacteria (short talk)

Генофонды и генетическое разнообразие. Москва, 16.11.2011
• И.Артамонова, А.Лопатина, М.Гельфанд, К.Северинов. Моделирование взаимодействия систем прокариотического иммунитета и инфицирующего фага

Фундаментальные науки медицине. Москва, 2011
• М.С.Гельфанд, П.А.Мазин, Ф. Хайтович. Возрастные изменения альтернативного спласинга в мозге у приматов

II международная научно-практическая конференция «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клиничекой медицине: геномика, протеомика, биоинформатика». Новосибирск, 14-17.11.2011
• П.А.Мазин, Е.А.Храмеева, А.А.Миронов, Ф.Хайтович, М.С.Гельфанд. Пространственная структура хроматина, эпигенетика и альтернативный сплайсинг (пленарный доклад)

54-я научная конференция МФТИ, Долгопрудный, ноябрь 2011
• Р.Солдатов. Статистические методы геномного анализа (победитель конкурса)

ASBMB Special Symposium “Chemical, Synthetic and Systems Biology: New Directions of Biochemistry”. Snowbird, UT, USA, 12-16.10.2011
• O. Tsoy. Evolution of transcriptional regulation in Enterobacteriales (poster)

Информационные технологии и системы ИТиС’11. Геленджик, 02-07.10.2011
• Ю.Фантин, А.Д.Неверов, А.В.Фаворов, А.А.Миронов, В.П.Чуланов. Анализ сложных хроматограмм популяционного секвенирования (доклад)
• А.А.Никулова, А.А.Миронов, А.В.Фаворов. CORECLUST: предсказание транскрипционных регуляторных областей и выявление их консервативной структуры (доклад)
• П.В.Мазин, Ф.Хайтович, М.С.Гельфанд. Изменения сплайиснга в ходе развития мозга у приматов (доклад)
• Е.Е.Храмеева, М.С.Гельфанд. Сравнение 177 экспериментов по секвенированию генома и транскриптома между платформами и лабораториями (доклад)
• А.Ю.Панчин, И.И.Артамонова. Эволюция сайтов сплайиснга в семействах недавно дуплицированных генов человека (доклад)
• И.А.Жаров. Регуляция генов множественной лекарственной устойчивости транскрипционными факторами семейства MarR (постер)
• Г.Г.Федонин, М.Д.Казанов. Предсказание первичной специфичности матриксных металлопротиназ методами машинного обучения (постер)
• Г.Г.Федонин, П.В.Шелякин. Статистическое предсказание максимумов спектров оптического поглозения родопсинов (постер)
• М.Э.Борисова. Регуляция SOS-ответа цианобактерий: сравнительно-геномный анализ транскрипционного фактора LexA и его сайтов связывания (постер)
• С.В.Виноградова, А.А.Миронов. Сравнительно-геномный анализ вторичных структур РНК (постер)
• Е.А.Яловая, О.В.Цой. Сравнительно-геномный анализ регулона NifA в альфа-протеобактериях (постер)
• С.В.Денисов. Отбор, действующий на сайты сплайсинга в геномах рода Drosophila (доклад)
• С.К.Гарушянц, М.Д.Казанов. Горизонтальные переносы генов и эволюция геномов архей рода Methanosarcina (доклад)
• Н.А.Быкова, А.А.Миронов. Алгоритм для восстановления предковых состояний по предсказаниям на листьях эволюционного дерева (доклад)
• И.А.Суворова. Реконструкция метаболизма малоната и пропионата у протеобактерий (доклад)
• Е.Ю.Климова, Д.Первушин. Изучение возможной роли антисенс-РНК в регуляции альтернативного сплайсинга (постер)
• А.Д.Казнадзей, П.В.Шелякин. Изучение эволюции и классификации геномных локусов углеводного метаболизма у бактерий (постер)
• В.В.Степанова, Д.А.Родионов. Геномный аналих транскрипционной регуляции метаболизма ароматических аминокислот в гамма-протеобактериях (постер)
• О.О.Бочкарева. Эволюция геномов бактерий и геномные перестройки (постер)
• А.В.Артемов, Д.Первушин, А.Токарчук, А.В.Фаворов, А.А.Миронов. Кинетическая модель может объяснить связь метилироваиния ДНК с тканеспецифичным альтернативным сплайсингом и альтернативным полиаденилированием (постер)
• Е.Д.Ставровская, Д.А.Родионов, А.А.Миронов, И.Дубчак, П.Новичков. Предсказание состава регулона с помощью метода автоматического определения порога. Оценка качества позиционной весовой матрицы (постер)
• Д.В.Виноградов, М.Логачева, М.С.Гельфанд. Анализ SNP в четырех транскриптомах рода Fagopyrum (постер)
• Ю.Д.Коростелев, О.Лайкова, А.Б.Рахманинова, М.С.Гельфанд. Ptit-DNA_Korr: программа для исследования корреляций между аминокислотными последоватлеьностями ДНК-связывающих белков и их сайтов связывания на ДНК (постер)

The 5th International Moscow Conference on Computational Molecular Biology, MCCMB-2011. Moscow. Russia, 21-14.07.2011
• N.Bykova, R.Soldatov, A.Mironov. A probabilistic approach to an evolution study of sequence properties (talk)
• E.Khrameeva, M.Gelfand. Interlaboratory and interplatform comparisons of 117 mRNA and genome sequencing experiments (short talk)
• D.Pervouchine, E.Khrameeva, O.Nikolaenko, M.Gelfand, A.Mironov. Use of hash tables for RNA structure prediction (short talk)
• A.Artemov, D.Pervouchine, A.Favorov, A.Mironov. Kinetic model explains correlation between DNA methylation and tissue-specific alternative splicing (poster)
• N.Bykova, A.Mironov. Inference of ancestral states for character evolution: the case of uncertain data at terminal nodes (poster)
• E.Ermakova, M.Gelfand, D.Rodionov. CodY regulon in Bacillaceae (poster)
• S.Garushyants, M.Kazanov. Horizontal gene transfer and genome evolution in Methanosarcina (poster)
• E.Gordienko, M.Kazanov, M.Gelfand. Evolution of bacterial pan-genomes (poster)
• M.Kazanov, S.Leyn, P.Novichkov, D.Rodionov. Functional annotation of regulons controlled by RNA regulatory elements in complete bacterial genomes (poster)
• P.Shelyakin, A.Kaznadzey. Evolution study and classification of carbohydrate metabolism genome loci in bacteria (poster)
• S.Leyn, M.Kazanov, P.Novichkov, D.Rodionov Reference collection of transcriptional regulons in Bacillales family of bacteria (poster)
• P.Mazin, M.Gelfand, P.Khaitovich. Splicing differences in primate brain development (poster)
• A.Nikulova, A.Favorov, A.Mironov. An approach to predict cis-regulatory modules and identify conserved regualtory grammar in eukaryptic genomes (poster)
• V.Stepanova, D.Rodionov. Genomic analysis of transcriptional regulation of aromatic amino acids metabolism in gamma-proteobacteria (poster)
• S.Vinogradova, A.Mironov. Genome-wide analysis of possible ncRNA structures (poster)
• I.Zharov, M.Gelfand, A.Kazakov. Regulation of multiddrug resistance genes by transcriptional factors from the MerR family (poster)

Berlin Summer Meeting. Berlin, Germany, 23-25.06.2011
• E.Ermakova. CodY regulon in Bacillaceae (poster)

The 17th Albany conversation. Albany, USA, 14-18.06.2011
• A.Y.Panchin, E.N.Shustrova, I.I.Artamonova. Recently duplicated human genes: basics of evolution (poster)
• E.E.Khrameeva, A.A.Mironov, M.S.Gelfand. The impact of interchromosomal associations on the functional state of the human genome (short talk)

The 111th meeting of the American Society of Microbiology. New Orlean, USA, 20-24.05.2011
• E. N. Gordienko, M. D. Kazanov, M. S. Gelfand. Evolution of Bacterial Pan-genomes (poster)

Школа-семинар «Современное состояние дел и перспективы развития в науке о наносистемах и наноматериалах». МГУ, Москва, 25-27.05.2011
• М.Гельфанд. Биоинформатика (доклад)

ISBRA 2011. Changsha, China, 27-29.05.2011
• E.Ermakova. CodY regulon in Bacillaceae (poster)

Russian-German seminar «Regulation and Evolution of Cellular Systems” Munich, Germany, 10-13.05.2011
• A.Mironov. RNA and epigenomics (plenary lecture)
• I.Suvorova. Comparative genomic analysis of the hexuronate metabolism genes and their regulation in gamma-proteobacteria (short talk)
• A.Nikulova. An approach to identify conserved regualtory grammar and predict cis-regulatory modules in eukaryptic genomes (poster)
• O.Tsoy. Evolution of transcriptional regulation in bacteria (poster)
• S.Garushyants. Horizontal gene transfer and genome evolution in Methanosarcina (poster)
• S.Vinogradova. Genome-wide analysis of possible RNA structures (poster)

VI Московский международный конгресс "Биотехнология: состояние и перспективы развития". Москва, 21-25.03.2011
• М.С.Гельфанд. Сравнительная геномика бактериальных регуляторных систем - эволюционные модели и функциональные следствия

Всероссийская конференция молодых ученых "Экология: сквозь время и расстояния". Институт экологии растений и животных УрО РАН, Екатеринбург, 11-15.04.2011
• М.С.Гельфанд. Молекулярная палеонтология

Яндекс. Москва, 14.04.2011.
• М.С.Гельфанд. Сети в живой клетке

Meeting on Nonparametric Statistics. Marseille, France, 13-17.12.2010
• F. Enikeeva

IV международная школа молодых ученых по молекулярной генетике «Геномика и биология клетки». Звенигород, 29.11-3.12.2010
• М.С. Гельфанд. Эволюция экзон-интронной структуры и альтернативного сплайсинга (доклад)

1 международная научно-практическая конференция «Постгеномные мтоды анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине». Москва, 17-19.11.2010
• М.С. Гельфанд. Ко-эволюция факторов траснкрипции и их сайтов связывания в ДНК (доклад)
• Е.Н. Гордиенко. Эволюция пангеномов (доклад)
• И.А. Суворова. Факторы транскрипции семейства GntR: эволюция регуляторных систем (доклад)

Отчетная конференция «Молекулярная и клеточная биология». Москва, 9-16.11.2010
• М.С. Гельфанд. Ко-эволюция факторов транскрипции и узнаваемых ими мотивов в ДНК (доклад)
• И.И. Артамонова. Изучение CRISPR-систем прокариотического иммунитета методами сравнительной геномики (доклад)

EMBO Conference series “From Functional Genomics to Systems Biology”. Heidelberg, Germany, 13-16.11. 2010
• E. Ermakova, M. Gelfand, S. Nuzhdin, D. Malko. Chqnges in inclusion rate of alternatively spliced gene regions in Drosophila are accompanied by higher nucleotide substitution rate (poster)

CRISPR Meeting 2010. Wageningen, The Netherlands, 21-22.10.2010
• I. Artamonova

The 24th International Mammalian Genome Conference. Heraklion, Greece, 17-23.10.2010
• E. Khraneeva, A. Mironov and M. Gelfand. Association between spatial proximity and functional similarity in human genome (talk. Student satellite symposium)

Пятый фестиваль науки. Москва, 8-10.10.2010
• М.С. Гельфанд. Как понимают генетические тексты

CSH-Asia Сonference “Computational Biology”. Suzhou, China, 27.09-1.10.2010
• M.S. Gelfand. Evolution of bacterial regulatory systems (invited talk)
• A.Y. Panchin, E.N. Shustrova, M.S. Gelfand, I.I. Artamonova. Evolution of recently duplicated human genes (poster)
• P. Mazin, J. Xiong, X/Liu, Z. Yan, W. Chan, M. Gelfand, P. Khaitovich. Splicing changes in human brain over the course of lifespan (talk)

The 28th European Meeting of Statisticians EMS2010. Piraeus, Greece, 17-22.08.2010
• F. Enikeeva. On two estimates related to the change-point problem (talk)

Конференция молодых ученых и специалистов «Информационные технологии и системы» ИТАС’10. Геленджик, 20-24.09.2010
• А. Миронов. Роль РНК в регуляции на уровне хроматина (секционная лекция)
• E. Khrameeva, A.Mironov, M.Gelfand. Functional similarity and chimeric transcripts in spatially close genome (доклад)
• А. Никулова, А.Фаворов, А.Миронов. Предсказание и анализ консервативных транскрипционных регуляторных областей в геномах рода Drosophila (доклад)
• Е. Ермакова. Эволюция альтернативного сплайсинга в близких видах дрозофил по данным массового секвенирования транскриптомов (доклад)
• Д. Виноградов. Транскриптом гречихи (доклад)
• С. Денисов. Эволюция сайтов сплайсинга (доклад)
• D. Vinogradov, S.Vinogradova, A.Mironov. Evolutionary pressure on codon frequency (доклад)
• И. Артамонова. Геномика гонококков (доклад)
• Е.Н. Гордиенко. Evolution of bacterial pangenomes (доклад)
• С. Гарушянц. Горизонтальные переносы и эволюция геномов метаносарцин (доклад)
• О. Боскарева. Эволюция штаммов бактерий и геномные перестройки (доклад)
• А. Казнадзей. Изучение эволюции геномных локусов углеводного метаболизма у бактерий (доклад)
• З. Червонцева. Эволюционные перестройки локусов, регулируемых факторами транскрипции семейства LacI (доклад)
• О. Цой, И. Остерман. Эволюция регуляторных взаимодействий в бактериях (доклад)
• М. Гельфанд. Ко-эволюция взаимодействующих белков и ДНК (пленарная лекция)
• А. Панчин, С.Мирофанов, А.Алексеевский, С.Спирин, Ю.Панчин. Зависимость мутационных процессов в геноме человека от контекста (доклад)
• S. Leyn. HexR – new central carbohydrate metabolism transcription regulator. Comparative approach study (доклад)
• Е. Климова, Д. Равчеев. Кислород-зависимая регуляция азотфиксации в Alphaproteobacteria (доклад)
• Е. Яловая. Азот-зависимая регуляция азотфиксации у альфапротеобактерий (доклад)
• И. Жаров. Исследование регуляторов семейства MerR методами сравнительной геномики (доклад )
• И.А. Суворова. Белок Prp2 подсемейства FadR – новый вариант регуляции метаболизма пропионата (доклад)
• М.Э. Борисова. Регуляция SOS-ответа Протеобактерий: сравнительно-геномный анализ фактора транскрипции LexA и сайтов его связывания (доклад)
• С. Петрова, А. Витрещак. Cравнительно-геномный анализ структур РНК, регулирующих трансляцию генов рибосомных белков у протеобактерий и фирмикут (доклад)
• С. Петрова. Ко-эволюция рибосомных белков и рРНК (доклад)
• Y. Korostelev, J. Gerton. Covalent protein-RNA complexes extraction (доклад)
• В. Степанова, А. Рахманинова. Разбиение семейства S8 растительных сериновых протеаз на группы специфичности с помощью компьютерных методов (доклад)
• П. Шелякин. Эволюция родопсинов (доклад)
• Е. Курмангалиев. Изучение эволюции сайтов ацетилирования лизина в белках позвоночных (доклад)
• Н. Быкова. Эволюция сигнальных пептидов (доклад)
• Е. Д.Ставровская, Д.А. Родионов, А.А. Миронов, И. Дубчак, П.С. Новичков. Вероятностный подход для выявления состава регулона. Различные способы определения меры принадлежности гена к регулону (доклад)
• А. Гайдукова, Е.Д. Ставровская, А.А. Миронов. Инструментальное средство поиска регуляторных мотивов в геномах (доклад)
• Д. Митева, Е.Д. Ставровская, А.Б. Рахманинова, А.А. Миронов. Поиск сигналов инициации трансляции у Cyanobacteria (доклад)
• Ф. Еникеева. Моделирование взаимодействие фага и CRISPR-систем (доклад)

The 5th IAPR Int. Conf. “Pattern Recognition in Bioinformatics” PRIB2010. Lecture Notes in Bioinformatics LNBI-6282. Nijmegen, Netherland, 22-24.09.2010
• G.G. Fedonin, M.S.Gelfand. Machine Learning Study of DNA Binding by Transcription Factors from the LacI family (доклад)

The 18th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2010). Boston, USA, 11-13.07.2010
• E. Khrameeva. Spatial proximity and similarity of functional states of genome domains (talk/SIG)
• I. Artamonova, V.Sorokin, M.Gelfand. Evolutionary dynamics of CRISPR systems in the Ocean metagenome (poster)

Viruses of Microbes. Paris, France, 21-25.06.2010
• I. Artamonova, V.Sorokin, M.Gelfand. Evolution of CRISPR-cassettes in the Ocean metagenome (poster)

Royal Holloway University of London, 8.11.2010
• F. Enikeeva. On two estimates related to the change-point problem

Публичные лекции Полит.ру Политехнический музей, 1.4.2010
• М.С. Гельфанд. Биоинформатика: молекулярная биология между пробиркой и компьютером

Kolloquium der International Research Training Group GRK 1384 und der Giessener Biochemischen Institute Justus-Liebig-Universitat Giessen, 11.03.2010
• M.S. Gelfand. Alternative splicing: A playground of evolution

Первая конференция «Научная диаспора и будущее российской науки», Санкт-Петербург, 24-25.06.2010
• М. Гельфанд

RECESS Retreat 2010 Schloss Hohenkammer, 20-23.06.2010
• N. Bykova. Evolution of signal peptides
• M. Borisova. Evolution of the LexA/DinR family of transcription factors and the motifs they recognize in DNA
• O. Tsoy. Bacterial ethanolamine metabolism: comparative genomics of spoiled food
• A. Nikulova. Predictin and structural analysis of the evolutionary conserved enhancers in Drosohila genomes
• M. Gelfand. Alternative splicing as a playground of evolution

French-Russian Seminar on Next Generation Sequencing Zvenigorod, 14-17.06.2010
• A.E. Khrameeva, A.A. Mironov. Long range correlations in the genome and chromatin (talk)
• M. Gelfand. Age- and tissue-specific alternative splicing in the human brain (talk)

International Humboldt Conference “Fundamental science and innovations in modernization of Russia and world development”, Moscow, 22-24.04.2010
• M.S. Gelfand. Reform of Research Institutions in Russia

14-я международная Пущинская школа-конференция молодых ученых «Биология – наука XXI века», Пущино, 18-22.04.2010
• М.С. Гельфанд. Эволюция регуляторных систем бактерий

XVII Международная научная конференция "Ломоносов-2010", Москва, 14-15.04.2010
• E. Klimova. Oxygen dependent regulation of nitrogen fixation in Alphaproteobacteria (доклад)
• S. Petrova. Copmaratigve analysis of 5’-UTR mRNA structures involved in translational regulation of ribosomal proteins in Proteobacteria and Firmicutes (диплом за лучший доклад)
• И. Москвин. Варибельность протоспейсеров прокариотических CRISPR-систем (доклад)
• М. Борисова. Регуляция SOS-ответа протеобактерий: анализ коэволюции белка LexA и сайтов его связывания (постер)
• С. Виноградова. Анализ частот использования кодонов методами сравнительной геномики (постер)
• А. Гайдукова. Алгоритм поиска регуляторных мотивов с помощьью скрытых Марковских моделей (постер)
• Е. Гордиенко. Эволюция бактериальных пангеномов (постер)
• И. Жаров. Сравнительный геномный анализ белков-регуляторов семейства BltR (постер)
• И. Суворова. Утилизация гексуронатов в гамма-протеобактериях. Исследование методами сравнительной геномики (постер)
• Р. Шахбатян. Возрастные особенности экспрессии генов малых некодирующих РНК в мозге человека (диплом за лучший постер)

2nd International Congress-Partnering & Exhibition on Biotechnology and Bioenergy Moscow, 13-15.04.2010
• M.S. Gelfand. Evolution of bacterial regulatory systems, or Why not all bacteria are like E.coli

Круглый стол ERA.NET, Москва, 25.03.2010
• М.Гельфанд.

Swiss-Russian seminar "Comparative genomics and transcriptome diversity", Leysin, 3-6.2.2010
• M. Gelfand. Alternative splicing as a playground of evolution
• S. Denisov. How selection acts on mammalian splice sites
• A. Panchin. Evolution of alternative splicing patterns in human paralogous genes
• D. Pervushin. Evidence for widespread conservation of RNA structures that are associated with splicing
• E. Khrameeva. Comparative genomics of long-range DNA interactions in eukaryotes

Отчетная конференция «Фундаментальные науки медицине», Москва 2010
• М.Гельфанд.

Информационные технологии и системы ИТиС’09, Бекасово, 15-18.12.2009
• S. Vinogradova, D.Vinogradov, A.A.Mironov. Codon usage bias: biological function or neutral marker?
• Е. Курмангалиев. Эволюция фосфорилируемых аминокислот
• E.D. Stavrovskaya, D.A. Rodionov, A.A. Mironov, I. Dubchak, P.S. Novichkov. Iterative statistical approach for discovering evolutionary conserved members of regulon
• Родионов Д.А. Реконструкция регулонов подсемейства MocR для метаболизма пиридоксина у фирмикутов
• О. Цой, Д. Виноградов, А.Заика, М.С.Гельфанд. Анализ последовательности генома макронуклеуса Euplotes crassus
• И.И. Артамонова. Антифаговый иммунитет прокариот
• И.А. Москвин, И.И.Артамонова. Оценка вариабельности протоспейсеров CRISPR-систем фагов, специфичных к Xanthomonas oryzae
• А.Д. Казнадзей. CRISPR polymorphim in natural populations of Escherichia coli
• Е. Гордиенко. Эволюция пангеномов
• Е. Ермакова, Д. Малько. Эволюция экзон-интронной структуры и альтернативного сплайсинга дрозофил
• А.Ю. Панчин, И.И. Артамонова. Эволюция моделей альтернативного сплайсинга паралогичных генов человека
• С. Денисов, А. Фаворов, А. Миронов, Р. Нуртдинов, М. Гельфанд. Эволюция сайтов сплайсинга: изенения в отдельных позициях и в сайтах в целом
• П. Мазин. Возрастные изменения альтернативного сплайсинга в мозге человека
• Д.А. Равчеев. Нитрат-нитритное дыхание протеобактерий: исследование эволюции регуляторных взаимодействий методами биоинформатики
• О.В. Калинина Системная биология Mycoplasma pneumoniae
• И. Жаров, А. Казаков. Поиск мотивов связывания транскрипционных регуляторов множественной лекарственной устойчивости у бактерий
• И.А. Суворова, Д.А. Равчеев. Коэволюция белков подсемейства FadR и их сайтов связывания
• М.Э. Борисова, Д.А. Равчеев. Регуляция SOS-ответа протеобабктерий: анализ коэволюции белка LexA и сайтов его связывания
• С.А. Лейн, Д.А. Равчеев. Эволюция химерного белка: исследование AraR-зависимой регуляции методами сравнительной геномики
• O.V. Kalinina, R.B. Russell. Predicting novel protein-small molecule interactions using molecular modeling techniques
• Г. Федонин. Исследование белок-ДНКовых взаимодействий методами машинного обучения

Публичные лекции Полит.ру, Политехнический музей, 1.04.2010
• М.С. Гельфанд. Биоинформатика: молекулярная биология между пробиркой и компьютером

Kolloquium der International Research Training Group GRK 1384 und der Giessener Biochemischen Institute, Justus-Liebig-Universitat Giessen, 11.03.2010
• M.S. Gelfand. Alternative splicing: A playground of evolution

Семинар по иммунологии, Институт эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф.Гамалеи, 26.11.2009
• М.С. Гельфанд. Сравнительная геномика и эволюция регуляторных систем у бактерий

Семинар «Общие проблемы этиологии и патогенеза» Программы ПРАН «Фундаментальные науки медицине», Институт медико-биологических прблем, 17.11.2009
• М.С. Гельфанд. Возрастные изменения экспрессии генов человека

Факультет журналистики МГУ, 20.11.2009
• М.С. Гельфанд. Дискуссия «Российский ученый и глобализация научной культуры»

4 Московский фестиваль науки, 10.11.2009
• М.С. Гельфанд. Дискуссия «Что изменит все? Образ жизни как функция научно-технического прогресса»

13-я международная Пущинская школа-конференция молодых ученых «Биология – наука XXI века», Пущино, Октябрь 2009
• М.С. Гельфанд. Как заниматься биологией с помощью компьютера (пленарная лекция)

2 испано-российский форум по информационным и коммуникационным технологиям, Мадрид, Испания, Сентябрь 2009
• М.С. Гельфанд. Bioinformatics: data-driven molecular biology

Круглый стол «Русские таланты за рубежом», Москва, 21.09.2009
• М.С. Гельфанд.

Evolutionary Biology Retreat Беломорская биостанция МГУ, Сентябрь 2009
• M.S. Gelfand. Evolution of regulatory systems Пленарный доклад
• И.И. Артамонова. CRISPR-системы – новый тип бактериального антифагового иммунитета
• О.В. Калинина. Изучение выравниваний белковых последовательностей: детерминанты специфичности, функционально важные сайты и ко-эволюционирующие позиции

4th Int. Moscow Conf. on Computational Molecular Biology, Moscow, July 2009
• Bykova N., Mironov A. Evolution of signal peptide appearance/disappearance in bacterial genomes (poster), p.56-58
• Denisov S., Gaydukova A., Mironov A., Favorov A., Nurtdinov R., Gelfand M. Evolution of sequences under strong selection: splice sites and Shine-Dalgarno boxes (poster), p.71-72
• Malko D., Ermakova E., Gelfand M. Evolution of structure and sequence in alternatively spliced Drosphila genes (poster), p.84-85
• Khrameeva E., Mironov A., Gelfand M., Pervouchine D. Regulation of splicing by small non-coding RNAs (poster), p.161-162
• Korostelev Y., Laikova O., Rakhmaninova A., Gelfand M. An online tool for search of correlations between sequences of DNA-binding proteins and their binding sites (short talk)
• Mazin P., Khaitovich P., Mironov A., Gelfand M. Investigation of age-related alternative splicing changes in human brain using Solexa sequencing (poster), p.230-231
• Nikulova A., Mironov A. Prediction of regulatory elements in Drosphila genomes using Hidden Markov model based on the arrangement of transcription factor binding sites (poster), p.261-262
• Pertsovskaya I., Artemov A., Oparina N., Favorov A., Mironov A., Vinogradov D. CpG islands: evolution of ‘non-objects’ in the genome (poster), p.287-288
• Petrova S.A., Vitreschak A.H. Regulation of ribosomal genes in bacteria: comparative genomics analysis (poster), p.290-291
• Vinogradova S., Vinogradov D., Mironov A. Codon usage bias: biological function or neutral marker? (poster), p.362-363
• Sorokin V., Artamonova I. Evolutionary dynamics of CRISPR-cassettes (poster), p.26-27
• Kalinina O., Russell R Predicting novel protein-small molecule interactions using molecular modeling techniques (poster), p.143-144
• Kurmangaliev E. Patterns of evolution in protein phosphorylation sites (poster), p.199-200
• Miteva D.S., Stepanova V.V., Rakhmaninova A.B. Correlations between DNA-binding domains and their DNA binding sites (poster), p.238-239
• Neverov A., Favorov A.V., Mironov A.A., Chulanov V.P. The base-calling algorithmg with vocabulary (poster), p.255-256
• Osterman A., Rodionov D. Some like it sweet: towards genomic ancyclopaedia of sugar catabolism in bacteria (talk), p.271-272
• Panchin A., Gelfand M., Ramensky V., Artamonova I. Major trends in the evolution of young human paralogs (short talk), p.281
• Ramensky V., Nurtdinov R., Neverov A., Mironov A., Gelfand M. Positive selection and laternative splicing of human genes (short talk), p.308-310
• Stavrovskaya E., Rodionov D.A., Mironov A.A., Dubchak I., Novichkov P.S. Statistical approach for discovering evolutionary conserved members of regulon (poster), p.336-338
• Tsoy O., Ravcheyev D., Mushegian A. Ethanolamine utilization: study of evolution and regulation using comparative genomics (poster), p.352-353
• Vakhrusheva A., Kazanov M., Mironov A., Bazykin G Capture and release of coding DNA: evolution of bacterial genes by shift of stop codons (poster), p.356

16th Conversaton Albany’2009 (Albany, USA, June 2009)
• M.S. Gelfand. Comparative genomics of alternative splicing (invited talk)
• I.I. Artamonova. Evolutionary dynamics of CRUSPR-cassettes in the metagenome Sorcerer II (talk)

RECOMB (Tucson, USA, May 2009)
• M.S. Gelfand. Alternative splicing as a playground of evolution (keynote talk)

109th General Meeting of the American Society for Microbiology (Philadelphia, USA, May 2009)
• M.S.Gelfand. Riboswitches and transcription factors: Rapid evolutionary changes of regulatory systems (invited session talk)

5th International Symposium "Bioinformatics Research and Applications" ISBRA 2009 (Ft. Lauderdale, USA, May 2009)
• M.S.Gelfand. Evolution of regulatory systems in bacteria (keynote talk)

Научное кафе "Обезьяний процесс для журналистов" (Москва, 23 апреля 2009)
• М.С.Гельфанд. (линк 1), (линк 2)

Отчетная конференция по программе фундаментальных исследований Президиума РАН "Молекулярная и клеточная биология" (Москва, Апрель 2009)
• М.С.Гельфанд. Сравнительная геномика и метагеномика прокариот и эукариот (доклад)
• И.И.Артамонова. Полногеномный анализ особенностей молекулярной эвлолюции семейств недавно дуплицированных генов человека (доклад)

RECESS Meeting (Munich, Germany, April 2009)
• M.S.Gelfand. (talk)
• A.A. Mironov
• A. Nikulova

Семинар Института молекулярной биологии им. В.А.Энгельгардта РАН (23 марта 2009)
• М.С.Гельфанд. Сравнительная геномика и функциональная аннотация генов и геномов (доклад)

First RECOMB Satellite Conference on Bioinformatics Education (San Diego, USA, March 2009)
• M.S.Gelfand. From computer to a lab bench and back: How comparative genomics leads to the discovery of bacterial transporters with a new mode of action (invited talk)
• Y.Korostelev, O.N.Laikova, A.B.Rakhmaninova, M.S.Gelfand. Correlations between amino acid sequences of transcription factors and their DNA binding sites (poster)

CASB-20 Meeting (San Diego, USA, March 2009)
• M.S.Gelfand. Evolution of bacterial regulatory systems (invited talk)

Конференция для школьников "Теория Дарвина и современная биология" (Москва, 20 февраля 2009)
• М.С.Гельфанд. Геном и эволюция (презентация)

Научно-практическая конференция "Научный журнал в России: актуальные проблемы и перспективы развития в современных условиях" (Москва, февраль 2009)
• М.С.Гельфанд. Рецензирование в научных журналах: взгляд автора, рецензента и редактора (приглашенный доклад)

Круглый стол "Наука и техника в Российской Федерации: на пороге перемен" (Москва, 3 июля 2009)
М.С.Гельфанд

Съезд генетиков и селекционеров, посвященный 200-летию со дня рождения Ч. Дарвина и V Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров (Москва, Июнь 2009)
• М.С.Гельфанд. Альтернативный сплайсинг – «детская площадка» эволюции (приглашенный доклад)

Круглый стол в Президиуме РАН 28 мая 2009
• М.С.Гельфанд. (стенограмма)

Стратегическая игра Школы культурной политики «Онтология: материальный мир» (Бекасово, 18-25 января 2009)
М.С.Гельфанд. Геном (приглашенная лекция)

Зимняя биологическая школа (Пущино, 9-16 января 2009)
М.С.Гельфанд. Биоинформатика (лекция для школьников)
(лекция, задача )

1 международная биотехнологическая конференция Астана Биотех-2009 (Астана, Казахстан, 12-13 декабря 2008)
М.С.Гельфанд (приглашенный доклад)

RusNanoTech. Международный форум по нанотехнологиям (Москва, 3-5 декабря 2008)
• Ю.Коростелев. Корреляции между аминокислотными последовательностями транскрипционных факторов и нуклеотидными последовательностями их сайтов связывания с ДНК
• В.Сорокин. Метагеномный анализ CRISPR-систем прокариотического иммунитета (диплом)
• Е.Храмеева. Вторичные структура РНК, регулирующие сплайсинг (2 премия)

M.S. Gelfand. Comparative genomic analysis of T-box regulation: identification of new structural classes and reconstruction of evolution (seminar). Burnham Institute, La Jolla, October 2008

M.S. Gelfand. Alternative splicing: A playground of evolution(seminar). University of California, San Diego, October 2008

M.S. Gelfand. Alternative splicing: A playground of evolution (seminar). University of Soutnern California, October 2008

3rd Workshop on Algorithms in Bioinformatics (Moscow, October 2008)
• M.S. Gelfand. M.Gelfand. Alternative splicing as a playground of evolution (invited talk).

Информационные технологии и системы ИТиС’08, Геленджик 29.9-3.10.2008
Секция 6 "Биоинформатика". Председатель секции - д.б.н., проф. М.С. Гельфанд
• A. Neverov, A.A. Mironov, R. Nurtdinov, V. Ramensky, M.S. Gelfand. Positive selection and alternative splicing of human genes
• О. Калинина, П. Мазин, А.Б. Рахманинова, А.А. Миронов, М.С. Гельфанд SDPfox - Web-сервер для анализа субстратной специфичности белков
• Н. Опарина, Д. Виноградов, А.А. Миронов, А. Фаворов, И. Перцовская. Подтвержение участия давления отбора в поддержании стабильности CpG островов
• K. Severinov, D. Ravcheev, M.S. Gelfand, K. Pougach. Comparative Analysis of Transcription Regulation Strategies of Bacteriophages T4 and RB49
• Д. Равчеев. Комплексная регуляция дыхания бактерий: исследование методами сравнительной геномики
• R.B. Russell, O.V. Kalinina. Analyzing drug-target interaction from a comparative perspective
• М.С. Гельфанд, Д. Малько, Е. Ермакова. Фиксация точечных мутаций в альтернативно сплайсируемых генах плодовых мушек рода Drosophila
• E. Ermakova, D. Malko, N. Oparina, M. Fridman, Yu. Medvedeva, I. Kulakovskiy, V. Makeev. Non-5' CpG islands in the human genome: probable involvement in transcription regulation
• М.С. Гельфанд, Д. Равчеев, О. Цой, А. Мушегян. Изучение системы деградации этаноламина методами сравнительной геномики
• M. Brudno, A. Kondrashov, N. Donmez, G. Bazykin. Polymorphism due to multiple amino acid substitutions at a codon site within Ciona savignyi
• И.И. Артамонова, А. Панчин. Эволюция недавно дуплицировавшихся паралогов генома человека
• И.И. Артамонова, М.С. Гельфанд, В.А. Сорокин. CRISPR-системы в метагеномах
• А.А. Миронов, М.С. Гельфанд, Д. Первушин, Е. Храмеева. Поиск вторичных структур РНК в интронах представителей рода Drosophila
• М. Цыганова, Д. Равчеев• Регуляция дыхания бактерий: транскриптомика и сравнительная геномика
• А.Б. Рахманинова, О. Лайкова, Ю. Коростелев, М.С. Гельфанд. Корреляции между аминокислотными последовательностями транскрипционных регуляторов и нуклеотидными последовательностями их операторов
• A. Kuptsov, K.din, L. Mamirova. Deleterious effect of mitochondrial nucleotide repeats in Chordata
• А. Витрещак. Реконструкция эволюции систем регуляции генов метаболизма гистидина в бактериях
• А. Фаворов, А.А. Миронов, Р. Сутормин, А. Никулова. Построение HMM, основанной на правилах взаиморасположения сайтов связывания транскрипционных факторов, и ее применение для поиска корегулируемых генов в геномах рода Drosophila
• М.С. Гельфанд, А.А. Миронов, Р. Нуртдинов. Эволюция альтернативного сплайсинга генов млекопитающих
• D. Vinogradov, A. Mironov. Genome-wide assessment of codon usage correlation
Постерная секция:
• М.С. Гельфанд, А.А. Миронов, С. Денисов. Эволюция под отбором: исследование паттерна замен в сайтах сплайсинга
• М. Сиприано, Д. Родионов, И. Дубчак, А.А. Миронов, М.С. Гельфанд, Е. Ставровская. Изучение регуляции транскрипции в геномах рода Shewanella путем автоматического поиска регуляторных мотивов в рамках функциональных подсистем
• M.S. Gelfand, K. Yerbol. Alternative splicing tends to involve phosphorylation sites
• И.И. Артамонова, Е.Н. Шустрова. Эволюционный анализ генов семейства SSX
• А. Витрещак, М.С. Гельфанд, С. Петрова. Предсказание сайтов регуляции рибосомальных генов в бактериях
• D. Miteva, V. Stepanova. Корреляции между аминокислотными последовательностями транскрипционных регуляторов суперсемейства CRP-FNR и нуклеотидными последовательностями их операторов
• Д. Равчеев, Е. Климова. Кислород-зависимая регуляция азотфиксации: исследование методами сравнительной геномики

4th EMBO Conference “"From Functional Genomics to Systems Biology" (Heldelberg, November 2008)
• E.O. Ermakova, D.B. Malko, M.S. Gelfand. Evolution of alternatively spliced conding regions in 11 Drosophila genomes (poster)

European Conference on Computational Biology ECCB-08 (Cagliary, Italy, September 2008) http://www.eccb08.org/index.php?pageId=1
• O.V. Kalinina , R.B. Russell Predicting drug-target promiscuity via ligand/protein superimpositions: phosphodiesterases as an illustrative example (poster)
• V.A. Sorokin, M.S. Gelfand, I.I. Artamonova. Prokaryotic immunity systems of the CRISPR type in metagenomes.(poster)

M.S. Gelfand. Evolution of bacterial regulatory systems (seminar). Cologne University, July 2008.

Berlin Summer Meeting: Systems Biology (Berlin, June 2008)
• M.S. Gelfand. Evolution of bacterial regulatory systems (invited talk).

HHMI International Research Scholars conference (Lisbon, June 2008)
• M.S. Gelfand. Comparative genomic analysis of T-box regulation: identification of new structural classes and reconstruction of evolution (invited talk).

6th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure BGRS'2008 (Novosibirsk, June 2008)
• A.A. Belostotsky, V.A. Boeva, E.O. Ermakova, A.V. Favorov, M.V. Fridman, A. Heinzel, I.V. Kulakovsky, V.J. Makeev, D.B. Malko, Y.A. Medvedeva, N.J. Oparina. Integration of genome, transcriptome and regulatory information for functional genomics of eukaryotes (talk)
• D.D. Pervouchine, V.A. Raker, M.S. Gelfand, A.A. Mironov. Association of RNA structures and splicing (talk)
• K.Yu. Popadin . TRNA’s free energy and evolution of mitochondrial genome (talk)
• I. Pertsovskaya, N. Oparina, D. Vinogradov, A. Favorov, A. Mironov. CPG islands evolution: CPG dinucleotides death and birth probabilities in different genome regions (talk)
• S. Denisov, R. Nurtdinov, P. Mazin, A. Kazakov, G. Kovaleva, M. Gelfand. RASDB – regulation of alternative splicing database (poster)
• Ju.A. Medvedeva, M.V. Fridman, N.Ju. Oparina, D.B. Malko, E.O. Ermakova, V.Ju. Makeev. Reduced level of synonymous substitution in CPG containing codons suggests functional role of intragenic and 3’ CPG islands in human genes (poster)
• D.V. Vinogradov, A.A. Mironov. Genome-wide assessment of the codon usage conservation (poster)
• P.V. Mazin, A.A. Mironov, A.B. Rakhmaninova, M.S. Gelfand, O.V.Kalinina. SDPFOX: a tool to predict protein specificity and specificity determinants from multiple sequence alignment (poster)
• A.D. Neverov, S.G. Orlov, A.A. Mironov, V.P. Chulanov. The new tool for oligonucleotide design for virus genotyping using multiple alignment (poster)

Joint BSC - IRB Barcelona Conference Grand Challenges in Computational Biology (Barcelona, June 2008)
• D. Vinogradov
• I. Pertsovskaya

Bioinformatics-2008 (Warsaw, Poland, April 2008)
• M.S. Gelfand

Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных "Ломоносов-2008" (Москва, МГУ, апрель 2008)
• Ю. Коростелев. Исследование корреляции между аминокислотными последовательностями транскрипциорнных регуляторов и нуклеотидными последовательностями их сайтов связывания с ДНК
• А. Любецкая. Поиск и анализ антитерминаторных сайтов регуляции транскрипции фосфотрансферазных систем бактерий
• М. Пятницкий. Изучение консервативности межгенных участков ДНК прокариот
• В. Сорокин. Предсказание и анализ тонкой структуры сайтов С-белков бактериальных систем рестрикции-моджификации (премия за лучший доклад)
• Е. Храмеева. Поиск вторичных структур РНК в интронах представтелей рода Drosophila (премия за лучший доклад)

М. Гельфанд. Геномы и эволюция. Лекция в клубе "Билингва" 10 апреля стенограмма, видеозапись

Helmholtz Russian-German Workshop on Systems Biology. (Москва, 27-29 февраля 2008)
• I.I. Artamonova. A recently discovered type of the bacterial immunity, the CRISPR system, in metagenomes (poster)
• M.S. Gelfand. Regulatory systems in bacteria: from comparative genomics to reconstruction of evolutionary history (invited talk)
• A.E. Kazakov. Identification of microcin C-like antibiotic systems (poster)
• A.G. Vitreschak. Comparative genomic analysis of T-box regulatory systems in bacteria (poster)

Базыкин University of Michigan (Ann-Arbor, февраль-март 2008)

ОВ. Калинина EMBL (Heidenlberg, Germany, январь-май 2008)

Д.А. РодионовBurnham Institute (La Jolla, USA., ноябрь 2007 - июль 2008)

М.С.Гельфанд. Биоинформатика - молекулярная биология in silico (сообщение на заседании Президиума РАН 15 января 2008 г.) (презентация)

M.S.Gelfand. Evolution of bacterial regulatory systems. Wageningen University, Jan, 2008. (презентация)

М.С.Гельфанд. Выступление на Втором Рождественском семинаре по вопросам реформы науки в России. (аудио)

Круглый стол "Конкурс программ развития нучно-исследовательских ниститутов: основные цели и критерии отбора" (фонд "Открытая экономика", Москва, 21 ноября 2007)
• М.С. Гельфанд. "Конкурс программ развития НИИ: зачем наступать на грабли?" краткое сообщение, стенограмма, ответ на анкету, статья в "Поиске"

Конференция Вычислительная филогенетика и геносистематика ВФГС'2007. (Москва, 16-19 ноября 2007)
• М.Гельфанд. Эволюция регуляторных систем у бактерий
• А.Витрещак, В.Любецкий, М.Гельфанд. Анализ регуляторных элементов Т-бокс. Предсказание специфичности аминокислотных транспортеров и других генов

М. Юрьева. Stowers Institute (Канзас, США, ноябрь 2007 - апрель 2008)

Дни науки в МГУ (19-20 октября 2007), Факультет биоинженерии и биоинформатики
• М.С. Гельфанд. Биоинформатика: биологические тексты.

Институт теоретической физики им. Л.Д.Ландау, Москва (Октябрь 2007)
М.Гельфанд. Comparative genomics: functional characterization of new genes and regulatory interactions using computer analysis. (доклад)

Информационные технологии и системы ИТиС’07 (30-я конференция молодых ученых и специалистов ИППИ РАН), Звенигород, сентябрь 2007
• МС.Гельфанд. Биоинформатика, или молекулярная биология in silico. (доклад)
• Н.В.Акуленко, О.А.Павлова, К.Северинов, А.В.Любецкая, Д.А.Равчеев, М.С.Гельфанд. Регуляция экспрессии генов нового бактериофага E.coli (стенд)
• И.Артамонова, Г.Фришман, М.Гельфанд, Д.Фришман. Техника ассоциативных правил и автоматическая аннотация белков (доклад)
• G.A.Bazykin, F.A.Kondrashov, M.Brudno, A.Poliakov, I.Dubchak, A.S. Kondrashov. Extensive parallelism in prtein evolution (премия за лучший доклад)
• Н.А.Быкова, Р.А.Сутормин, П.С.Новичков. Метод предсказания функциональной свящи между генами, основанный на совмещении позиционной сцепленности в бактериях и экспрессионной корреляции в эукариотах (стенд)
• Д.Виноградов. Учет распределения расстояний при поиске кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов (стенд)
• А.Г.Витрещак, А.А.Миронов, В.А.Любецкий, М.С.Гельфанд. Компьютерный анализ, функциональна аннотация и изучение Т-бокс регулона в бактериях (доклад)
• L.Danilova, D.Pervouchine, A.Favorov, A.Mironov. RNAKinetics: a web server that models secondary structure kinetics of an elongating RNA (доклад)
• С.Денисов. RASDB – база данных по регуляции альтернативного сплайсинга (стенд)
• F.N.Enikeeva, M.S.Gelfand, K.V.Severinov. Restriction-modification systems and bactriophage invasion: who wins (доклад)
• E.O.Ermakova, R.N.Nurtdinov, M.S.Gelfand. Overlapping alternative donor slice sites (доклад)
• А.Е.Казаков. База данных по регуляции транскрипции у бактерий (стенд)
• G.Yu.Kovaleva, M.S.Gelfand. Comparative genomics of the methionine biosynthesis regulation in Streptococci (премия за лучший доклад)
• Ю.Д.Коростелев, О.Н.Лайкова, А.Б.Рахманинова. Позиционно-специфические корреляции между последовательностями ДНК-связывающих доменов LacI-семейства и их операторов (доклад)
• Е.Ж.Курмангалиев. Последствия мутаций в сайтах сплайсинга: пропуск экзона и активайия сайтов сплайсинга (доклад)
• E.Litvinova, A.B.Rakhmaninova. Statistics of closely related strain proteomes revealed stricking differences in their composition (стенд)
• А.В.Любецкая. Библиометрия биоинформатики (доклад)
• L.Mamirova, K.Popadin. Adaptive evolution of mitochondrially encoded proteins in mammalian lineages (доклад)
• А.А.Никулова, А.А.Миронов. Поиск и анализ кластеров сайтов связывания транскрипционных факторов в геномах млекопитающих (стенд)
• Р.Н.Нуртдинов. Эволюция альтернативного сплайсинга мелкопитающих (доклад)
• И.Перцовская. Эволюция CpG-островов в геномах млекопитающих (доклад)
• K.Popadin, L.Mamirova, P.Kondrashov. Co-evolution of tRNA’s free energy and amino acid abindance of mitochondrial encoded proteins (доклад)
• К.Пугач, К.Северинов, Д.Равчеев, М.Гельфанд. Сравнительный анализ стратегий регуляции транскрипции у Т-четных фагов (стенд)
• О.В.Цой, В.Закирзянова, Д.А.Равчеев. Как PurR стал Cra, а RbsR стал PurR: истории из жизни бактериальных факторов транскрипции (доклад)
• В.Раменский, Н.Зайцева, А.Рубинов, В.Зосимов. Новый подход к сравнению участков связывания в белках в задачах вычислительного конструирования лекарств (доклад)
• D.A.Rodionov. Identification of three novel transcriptional regulatory systems for NAD biosynthesis genes in bacteria by comparative genomics (доклад)
• Е.Д.Ставровская, М.Сиприано, И.Л.Дубчак, А.А.Миронов, М.С.Гельфанд. Автоматический поиск регуляторных сигналов перед генами в рамках функциональных подсистем (доклад)
• Р.А.Сутормин, А.А.Миронов, D.Frishman. Плотность событий геномных перестроек отражает эволюционное время (доклад)
• А.Фаворов, М.Гельфанд, А.Герасимова, Д.Равчеев, И.Кулаклвский, А.Миронов, В.Макеев. Алгоритм SeSiMCMC для поиска участков специфического связывания белков – регуляторов транскрипции (доклад)
• М.В.Юрьева, Д.А.Равчеев. Фосфатный регулон грам-положительных бактерий: исследование методами сравнительной геномики (стенд)

О. Цой. Stowers Institute (Канзас, США, сентябрь 2007 - февраль 2008)

М. Цыганова. Leuden University (Нидерланды, август-октябрь 2007)

3rd Int. Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB’07 (Moscow, Russia, July 2007)
• G.A.Bazykin, F.A.Kondrashov, M.Brudno, A.Poliakov, I.Dubhak, A.S.Kondrashov Extensive parallelism in protein evolution (talk)
• M.J.Cipriano, A.E.Kazakov, D.Ravcheev, A.Arkin, M.S.Gelfand, I.Dubchak RegTransBase (RTB) – a database of regulatory sequences and interactions in prokaryotic genomes (poster)
• S.Denisov, R.Nurtdinov, D.Vinogradov, A.Kazakov, G.Kovaleva, M.Gelfand. RASDB – regulation of alternative splicing database (poster)
• F.N.Enikeeva, M.S.Gelfand, K.V.Severinov. Restriction-modification systems and bacteriohage: who wins? (poster)
• F.N.Enikeeva, E.A.Kotelnikova, M.S.Gelfand, V.J.Makeev. A model of evolution with constant selective pressure for regulatory DNA sites (poster)
• K.Gorbunov, D.Rodionov, O.Laikova, M.Gelfand, V.Lyubetsky. Reconstrcutin of ancestral regulatory signal along a phylogeny (poster)
• O.V.Kalinina, R.B.Russell, M.S.Gelfand. Identification of functionally important sites in poorly characterized protein families (poster)
• A.Kazakov, M.Gelfand, K.Severinov. Distribution of microcin J-like and mocrocin C-like antibiotic systems (poster)
• Y.D.Korostelev, O.N.Laikova, AB.Rakhmaninova. Position-specific correlations between sequences of LacI family DNA-binding domains and their operators (poster)
• G.Yu.Kovaleva. Regulation of methionine and cysteine biosynthesis in streptococci (poster)
• Y.Z.Kurmangaliev. Exon skipping and activation of cryptic sites as consequences of splicing mutations (poster)
• E.Litvinova, A.B.Rakhmaninova. Statistics of closely related strain proteomes revealed striking differences in their composition (poster)
• A.V.Lyubetskaya. Biobliometrics of bioinformatics (poster)
• D.B.Malko, E.O.Ermakova Evolution of splicing in insects (poster)
• P.V.Mazin, A.B.Rakhmaninova, O.V.Kalinina. SDPClust: a new tool for prediction of protein specificity in MPA (poster)
• I.V.Merkeev, A.A.Mironov. The database of phylogenetic orthologous groups (PHOG): the algorithm of its construction and its applicationsin comparative genomics (talk)
• A.A.Nikulova, A.A.Mironov. Computational prediction and analysis of transcriptional regulatory modules in mammals (poster)
• I.M.Pertsovskaya, A.A.Mironov. Evolution of CpG islands in mammalian genomes (poster)
• D.Pervouchine, A.A.Mironov. An evidence for regulation of splicing by RNA secondary structures: conserved complementary motifs in Drosophila introns (talk)
• V.Ramensky, R.Nurtdinov, A.Neverov, A.Mironov, M.Gelfand. Positive selection and alternative splicing in human genes (poster)
• D.A.Rodionov. Comparative genomic analysis of transcriptional regulatory networks in Shewanella species and other gamma-proteobacteria (talk)
• E.Stavrovskaya, M.Cipriano, I.L.Dubchak, A.A.Mironov, M.S.Gelfand. Automated search for regulatory motifs in upstream regions of genes from the functional subsystems (poster)
• O.Tsoy, W.Zakirzianova, D.A.Ravcheev. Stories about the evolution of regulators: huw FruR became CRA and RbsR became PurR (talk)
• A.G.Vitreschak, A.A.Mironov, V.A.Lyubetsky, M.S.Gelfand. Function and evolution of the T-box regulation in bacteria (poster)

15th Annu. Int. Conf. On Intelligent Systems for Molecular Biology and 6th European Conf. On Computational Biology ISMB/ECCB’07 (Vienna, Austria, June 2007)
• M.S. Gelfand. Evolution of bacterial regulatory systems (Special Interest Group)
• D.A. Rodionov, Mikhail Gelfand, Margaret Romine, and Andrei Osterman. Comparative Genomics of Transcriptional Regulation of Metabolic Pathways in Shewanella Species (poster)
• M.S. Gelfand. Evolution of alternative splicing (highlights track)
• G.Yu. Kovaleva, M. Gelfand. Regulation of methionine and cysteine biosynthesis in Streptococci (poster)
• A.E. Kazakov, K. Severinov and Mikhail S. Gelfand. Identification of microcin J-like and microcin C-like antibiotic systems (poster)
• E.O. Ermakova, R.N. Nurtdinov, and M.S. Gelfand. Ovelapping alternative donor splicing sites in the human genome (poster)

ОВ. Калинина. Аминокислотные остатки, определяющие специфичность в больших семействах белков (ИМБ, Москва - защита диссертации к.ф.-м.н /молекулярная биология), 24 мая 2007, н.рук. МС. Гельфанд.

Научное кафе 7 июня 2007 года "Гены и национальность, генофонд и миграция" (фонд "Династия" и агенство "Информнаука")

Круглый стол "Система мотивации молодых ученых к активной научной деятельности", Центр "Открытая экономика", 25 мая 2007
• М.Гельфанд. Существует ли "молодежная" научная политика? (презентация, стенограмма, отчет)

Юбилейная конференция, посвященная 40-летию Института белка РАН, Пущино, 9-13 июня 2007
• М.С. Гельфанд. Эволюция регуляторных систем бактерий. (презентация)

Gelfand MS. Alternative splicing as a playground of evolution. National Center for Biotechnology Information, NIH (Bethesda, USA, March 2007)

ЕО. Ермакова. Молекулярная эволюция альтернативных участков генов млекопитающих и дрозофил (ИППИ РАН, март 2007)

ГЮ. Ковалева. Сравнительно-геномный анализ пути биосинтеза метионина у грам-положительных бактерий: новые гены и регуляторные сигналы (ИППИ РАН, февраль 2007)

ДА. Равчеев. Эволюция систем регуляции дыхания у гамма-протеобактерий (ИППИ РАН, февраль 2007)

МС. Гельфанд. Сравнительная геномика (ИППИ РАН, февраль 2007) (презентация)

РА. Сутормин. Использование вероятностных методов для анализа аминокислотных последовательностей мембранных белков. (ИТЭБ РАН, Пущино - защита диссертации к.ф.-м.н / биофизика), 22 марта 2007, н.рук. АА. Миронов.

А. Неверов, к.б.н. (молекулярная биология). Компьютерный анализ сплайсинга. (ГосНИИГенетика, Москва - защита диссертации к.б.н. / молекулярная биология), 6 марта 2007, н.рук. АА. Миронов

Передача на радио «Говорит Москва» о российской науке и диаспоре: М.Гельфанд, К.Северинов, Г.Цирлина. 19 апреля 2007(аудиозапись)

Конференция, посвященная 40-летию журнала "Молекулярная биология" (Москва, апрель 2007)
• М.С. Гельфанд. Эволюция регуляторных систем у бактерий (приглашенный доклад)

Отчетная конференция по программе фундаментальных исследований Президиума Ран "Молекулярная и клеточная биология" (Москва, апрель 2007)
• М.С. Гельфанд. Альтернативный сплайсинг – "детская площадка" эволюции (презентация)

Конференция «Механизмы регуляции экспрессии генов: транскрипция, трансляция и РНК-интерференция», посвященная 85-летию со дня рождения Р.Б. Хесина (Москва, март 2007)
• М.С. Гельфанд. Эволюция альтернативного сплайсинга. (приглашенный доклад)

Conference "Genome dynamics: From replication to post-translation and turnover". Howard Hughes Medical Institute (Chevy Chase, USA, March 2007)
• M.S. Gelfand. Transcriptional regulation of iron homeostasis in alpha-proteobacteria: Reconstruction of evolution of a complex regulatory system (oral)

Joint Genomics: GTL Awardee Workshop V and Metabolic Engineering 2007 and USDA-DOE Plant Feedstock Genomics for Bioenergy Awardee Workshop 2007 (Bethesda, USA, Feb 2007)
• D.A. Rodionov, M.S.Gelfand, M.F.Romine, A.L.Osterman. Comparative genomics of transcriptional regulation of metabolic pathways in Shewanella species (poster)

Pacific Symposium on Biocomputing 2007 (USA, January 2007)
• Cipriano M, Kazakov A, Arkin A, Gelfand MS, Dubchak I. Protein-DNA Interactions and Gene Regulation: Integrating Structure, Sequence and Function (poster)

Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных "Ломоносов-2007" (Москва, МГУ, апрель 2007)
• М.А. Моросанова. Предсказание позиций, определяющих функциональную специфичность в белках бактериальных двухкомпонентных систем
• Ю. Коростелев. Позиционно-специфические корреляции между аминокислотными последовательностями ДНК-связывающих доменов LACI-семейства и нуклеотидными последовательностями их операторов
• П.В. Мазин П.В. "SDPlight - быстрый метод поиска позиций, определяющих специфичность в белковых выравниваниях" (стендовый доклад)
• И. Перцовская «Сравнительный анализ CpG островов в геномах млекопитающих» (диплом за лучший доклад)
• О. Цой "Исследование RbsR- и PurR-регулонов методами сравнительной геномики: эволюция регуляторных систем после дупликации" (стендовый доклад)
• М. Юрьева "Исследование фосфатного регулона грам-положительных бактерий методами сравнительной геномики" (стендовый доклад)
• А. Любецкая «Библиометрия биоинофрматики» (доклад)

Диспут на радио «Говорит Москва»: А.Некипелов и М.Гельфанд. 15 февраля 2007 (адиозапись)

5th European Conference on Computational Biology ECCB’2006 (Eilat, Israel January 2007)
• G. Kovaleva, M.Gelfand. Evolution of the Methionine Biosynthesis Regulation in Streptococci (poster)
• A.V. Gerasimova, D.A.Ravcheev, M.S.Gelfand. Multiple Regulation of Respiration in Gamma-Proteobacteria: FNR, ArcA, NarP and ModE Regulons (poster)
• I.I. Artamonova, G.Frishman, M.S.Gelfand, D.Frishman. Association Rule Mining and Protein Databases: Exceptions Point to Annotation Errors (poster), "Top 5 Posters" prize
• E.D. Stavrovskaya, V.J.Makeev, I.V.Merkeev, A.A.Mironov. Tool for Automatic Detection of Co-regulated Genes (poster)

Joint Genomics: GTL Awardee Workshop V and Metabolic Engineering 2007 and USDA-DOE Plant Feedstock Genomics for Bioenergy Awardee Workshop (Bethesda, USA, Feb. 2007).
• D.A.Rodionov. Poster "Comparative genomics of transcriptional regulation of metabolic pathways in Shewanella species" by D.A.Rodionov, M.S.Gelfand, M.F.Romine, A.L.Osterman

Заседание Президиума Российской академии наук, 30 января 2007 г.
• М.С. Гельфанд, А.А. Миронов. Присуждении премии имени А.А. Баева 2007 года за цикл работ "Компьютерная сравнительная геномика"

Рождественский семинар по проблемам науки и образования, 26 декабря 2006 (стенограмма, отчет)

German-Russian Symposium Tatisee, Germany Oct. 2006
M.S. Gelfand Alternative spicing: a playground of evolution (invited talk)

Дни науки в МГУ, Факультет биоинженерии и биоинформатики.
• М.С. Гельфанд. Биоинформатика: биологические тексты (презентация).

D. Ravcheev. Lawrence Berkeley National Laboratory (Беркли, США, сентябрь-ноябрь 2006)

M.S. Gelfand. Comparative genomics of RNA regulatory elements (seminar). Dharmacon, Inc. Boulder, USA. Oct. 4, 2006.

M.S. Gelfand. Comparative genomics and evolution of regulatory interactions in bacteria (seminar). Stowers Institute Kanzas City, USA. Oct 2, 2006.

International Summer School and Workshop 2006 on Evolutionary Genomics, Berlin, Germany, Sep. 2006
• E.A. Permina. The genomics sigma-B regulon in different Gram-positive bacteria (contributed talk)

Meeting of HHMI International Research Scholars. Janelia Farm, USA. Sep. 2006.
• M.S. Gelfand. Evolution of alternative splicing (talk).

M.S. Gelfand. Comparative genomics and evolution of regulatory interactions in bacteria (seminar). Lawrence Berkeley National Lab. Berkeley, USA. Sep 22, 2006.

M.S. Gelfand. Several levels of evolution of regulatory interactions in bacteria (seminar). Burnham Institute. La Jolla, USA. Sep. 20, 2006

CASB Distinguished Lecture Series, University of California at San Diego. La Jolla, USA. Sep. 19, 2006
• M.S. Gelfand. Comparative genomics and evolution of regulatory interactions in bacteria (presentation).

Keystone Symposium "Multi-Protein Complexes Involved in Cell Regulation". Cambridge, UK. September 2006.
• O.V. Kalinina. Applying specificity determinants to identification of protein active sites and other functional features (poster).

Biometals2006. Welches, USA. August 2006.
• D.A. Rodionov. Comparative Genomics of Metal Uptake Transporters and Regulatory Systems in Bacteria (poster and short talk).

Nels Thorstensen from University of British Columbia, Vancouver, Canada, May-August 2006, 3-month training course
Project: Conservation of co-expression graph in bacteria

8th Int. Engelhardt Conf. On Molecular Biology "RNA-protein interactions" Sergiev Posad, Russia August 2006
M.S. Gelfand Riboswitches (invited talk)

5th Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure BGRS'2006 (Novosibirsk, July 2006)
• V. Ramensky with R.Nurtdinov, A.Neverov, A.Mironov, M.Gelfand. Human genome polymorphism and alternative splicing (talk)
• A.G. Vitreschak with V.A.Lyubetsky, A.A.Mironov, M.S.Gelfand. Evolutional and functional analysis of T-box regulon in bacteria (talk)
• Kovaleva G.Yu and Gelfand M.S. Transcriptional regulation of the methionine biosynthesis in actinobacteria and streptococci (poster)
• A. A.Mironov. Threshold selection using the rank statistics (talk)
• E.D. Stavrovskaya with V.J.Makeev, I.V.Merkeev, A.A.Mironov. Tool for automatics detection of co-regulated genes (poster)

3rd Annual RECOMB Satellite Workshop on Regulatory Genomics (Singapore, July 2006)
• M.S. Gelfand. Evolution of Bacterial Regulatory Systems (invited talk) презентация

Math-CS Camp for High School Students
History of the Genetic Code
• лекция: gelfand-genetic-code
• задача: gelfand-singapore-problem
• решение: gelfand-singapore-solution

Круглый стол "Механизмы и критерии оценки деятельности научного учреждения", Центр "Открытая экономика", 14 июля 2006
• М.С.Гельфанд (презентация, стенограмма)

Workshop "Algorithms in Bioinformatics" AlBio06 (Moscow, July 11-13, 2006)
• M.S. Gelfand. Comparative genomics for functional annotation of bacterial genomes (invited talk) (presentation)
• A.A. Mironov. Using of rang statistics for threshold selection (invited talk)

4th Bertinoro Computational Biology Meeting "Evolution of and Comparative Approaches to Gene Regulation" (Bertinoro, Italy, June 2006)
• M.S. Gelfand. Evolution of regulatory interactions in bacteria (presentation)
• D.A. Ravcheev. Regulation of respiration in gamma-proteobacteria: Evolution of multiple regulatory systems

Центр "Открытая экономика", Москва (9 июня 2006)
• М.С. Гельфанд. Круглый стол "Механизмы повышения результативности деятельности работников академического сектора науки" (презентация) (стенограмма)

Human Genome Meeting HGM2006 (Helsinki, Finland, 31 мая - 3 июня 2006)
• E.O. Ermakova. Evolutionary patterns of alternatively spliced coding regions of mammalian and Drosophila genes (постер)

A.E. Kazakov Lawrence Berkeley National Laboratory (USA, February-March 2006)

A.V. Gerasimova, EA. Permina. Lawrence Berkeley National Laboratory (USA, November-December 2005)

O.V. Kalinina EMBL (Heidelberg, Germany, October-November 2005)

D.A. Rodionov. Burnham Institute (La Jolla CA, USA, September 2005 – September 2006)

А.В. Герасимова. Анализ регуляции транскрипции генов дыхания в гамма-протеобактериях методами сравнительной геномики. (ГосНИИГенетика, Москва - защита диссертации к.б.н. / молекулярная биология), 25 мая 2006, н.рук. МС. Гельфанд

Е.А. Пермина. Изучение регулонов бактериального стресса методами сравнительной геномики. (ГосНИИГенетика, Москва - защита диссертации к.б.н. / молекулярная биология), 25 мая 2006, н.рук. МС. Гельфанд

Конференция "Молекулярные механизмы процессов онтогенеза: эмбриогенез, геномы, эволюция", посвященная 80-летию со дня рождения А.А. Нейфаха (Москва, 15-16 мая 2006)
• М.С. Гельфанд. Эволюция альтернативного сплайсинга (приглашенный доклад)

Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных "Ломоносов-2006" (Москва, МГУ, апрель 2006)
• И.М. Перцовская. Поиск кластеров сайтов связывания регуляторов транскрипции у эукариот (доклад)
• Д.А. Решетов. Предсказание аминокислотных остатков, определяющих специфичность транспортеров семейства DAACS к транспортируемому веществу. (доклад)
• А.В. Любецкая. Потоковая модель метаболизма аминокислот кишечной палочки (диплом за лучший доклад)
• М.О. Цыганова. Регуляция дыхания у энтеробактерий: сопоставление данных по анализу экспрессии на биочипах и сравнительно-геномного анализа (доклад)
• В.В. Закирзянова. Исследование обобщенного FruR-регулона гамма-протеобактерий методами сравнительной геномики (доклад)
• О.Н. Коборова. Предсказание специфичности новых членов белковых семейств с помощью специфичность-детерминирующих позиций (СДП), определенных методом SDPpred. Программа SDP-profile (диплом за лучший стендовый доклад)
• Л. Сычева. Таксон-специфическая регуляция SOS-ответа у гамма-протеобактерий (стендовый доклад)

Школа "Биоинформатика, геномика, протеомика" (11-18 апреля 2006, Алма-Ата, Казахстан)
А. Витрещак. Регуляторные структуры РН. (презентация)
Е.О. Ермакова. Точечные нуклеотидные замены и эволюция различных функциональных участков генома млекопитающих. (презентация)
М.С. Гельфанд. Системная биология. (презентация)
Г.Ю. Ковалева. Анализ регулона McbR в геномах коринебактерий методами сравнительной геномики. (презентация)
Е. Курмангалиев. Поиск генов "некодирующих РНК" в интронах G-белок сопряженных рецепторов человека и мыши.
Л. Мамирова. Радикальные и консервативные аминокислотные замещения в эволюции протеин-кодирующих генов. (презентация)
А. Неверов. Молекулярная эпидемиология гепатита А на территории России и сопредельных государств. (презентация)
Д.А. Равчеев. Исследование регуляции нитрат-нитритного дыхания гамма-протеобактерий методами сравнительной геномики. (презентация)
Е.Д. Ставровская. Алгоритмы кластеризации регуляторных сигналов. (презентация)
Р.А. Сутормин. Методы предсказания вторичной структуры мембранных альфа-спиральных белков. (презентация)

Семинар в ИППИ, Москва (7 апреля 2006)
МС. Гельфанд. Биоинформатика, или молекулярная биология in silico (презентация)

Центр "Открытая экономика", Москва (31 марта 2006)
М.С. Гельфанд. Круглый стол "Роль научных фондов в финансировании научно-технологического развития экономики России" (презентация)  

О.В. Калинина EMBL (Heidelberg, Germany, март-июнь 2006)

А.Е. Казаков Lawrence Berkeley National Laboratory (USA, февраль-март 2006)

А.В. Герасимова, ЕА. Пермина. Lawrence Berkeley National Laboratory (USA, ноябрь-декабрь 2005)

О.В. Калинина EMBL (Heidelberg, Germany, октябрь-ноябрь 2005)

Д.А. Родионов. Burnham Institute (La Jolla CA, USA, сентябрь 2005 – сентябрь 2006)

Отчетная конференция по программе Президиума РАН "Молекулярно-клеточная биология" (ноябрь 2005)
М.С. Гельфанд. "Сравнительная геномика, реконструкция и моделирование метаболизма и регуляции бактерий и эукариот"

Выставка "Биотехника-2005" (Ганновер, Германия, октябрь 2005)

1st Russian-Bavarian Conference on Bio-Medical Computing (Мюнхен, 13-14 окт 2005)
М.С. Гельфанд. Comparative genomics of bacteria: functional annotation, metabolic reconstruction, regulatory systems (приглашенный доклад)

Seminar at Institute of Bioinformatic, GSF (Мюнхен, 13 октября 2005)
М.С. Гельфанд. Evolution of alternative splicing. (презентация)

Фонд "Открытая экономика" (21 октября 2005)
М.С. Гельфанд. Круглый стол "Стратегия развития науки и инноваций: как минимизировать риски активного сценария?"

4th European Conference on Computational Biology ECCB’05 (Мадрид, Испания, 28 сентября – 2 октября 2005)
• M.S. Gelfand. Specificity-determining positions in protein alignments (приглашенный доклад на секции “Current approaches for function prediction during genome annotation”)
• I.I. Artamonova, G. Frishman, M.S.Gelfand, D. Frishman. Correcting annotation errors by association rules mining (постер)
• O.V. Kalinina, M.S. Gelfand, A.A. Mironov, A.B. Rakhmaninova. Specificity-determining positions in multimeric proteins are often located on the subunit interaface (постер)
• G.Yu. Kovaleva, M.G. Gelfand. Identification of a candidate alpha-isopropylmalate carrier (постер)

Семинар в Centre de Regulacio Genomica (Барселона, Испания, 22 сентября 2005)
М.С. Гельфанд. Riboswitches: the oldest regulatory system?

BioSapiens Workshop (Мадрид, Испания, сентябрь 2005)
• А.В. Герасимова.

Всероссийская конференция "Биотехнологии - инвесторам 2005" (Москва, 16 сентября 2005),
М.Гельфанд

1st Conf. on New Frontiers in Microbiology and Infection (Villars-sur-Ollon, Switherland, September 2005)
• Gerasimova A.V, Gelfand M.S. Comparative analysis of transcriptional regulation in E.coli and related genomes: FNR, ArcA, NarP, NadR, and ModE regulons (стенд + короткий доклад)

MCCMB'05   Вторая Московская Конференция по Компьютерной и Молекулярной Биологии
• O. Kalinina, A. Rakhmaninova. Intersubunit contacts are often facilitated by specificity-determining positions (доклад)
• A. Neverov, L. Milanesi. A pipeline for computational gene recognition in the Saccharopolyspora erythraea genome (постер)
• D. Rodionov. A universal regulatory system of ribonucleotide reductase genes in bacterial genomes (доклад)
• A. Gerasimova, D. Ravcheev. How gamma-proteobacteria switch the mode of respiration: A comparative genomic analysis (доклад)
• M.S. Gelfand. Evolution of alternative splicing (доклад)
• M.S. Gelfand. Evolution of bacterial regulatory systems (доклад)
• A. Mironov. An efficient algorithm for identification of clusters of transcription factor binding sites (доклад)
• Z. Wunderlich, G. Kolesov, M. Slutsky, M. Gelfand, O. Laikova, and L. Mirny. Biological implications of protein-DNA sliding (доклад)
• E. Ermakova. Alternatively spliced regions evolve faster (постер)
• A. Gerasimova. Evolution of transcriptional regulation in closely related genomes: the NadR regulon of Enterobacteriaceae (постер)
• A. Gerasimova. ModE-regulation in Enterobacteriaceae (постер)
• D. Malko. Comparative analysis of the alternative splicing of orthologous fruit flies and mosquito genes (постер)
• G. Kovaleva. Comparative analysis of regulation of methionine-cysteine biosynthesis in ascomycetes (постер)
• V. Zakirzianova, D. Ravcheev. A comparative genomic analysis of an evolving of regulatory system: how FruR became Cra (постер)
• M. Tsiganova, D. Ravcheev. Regulation of respiration in Escherichia coli: the comparison of microarray and genomics data (постер)
• E. Stavrovskaya, V. Makeev, A. Mironov. ClusterTree-RS: the binary tree algorithm for identification of co-regulated genes by clustering regulatory signals (постер)
• D. Reshetov, O. Kalinina, A. Rakhmaninova. Computational analysis of functional specificity of the dicarboxylate/amino acid:cation (Na+ or H+) symporter (DAACS) family (постер)
• V. Ramensky, A. Neverov, R. Nurtdinov, A.Mironov M. Gelfand. Human SNPs and alternative splicing (доклад)
• E. Permina. The regulation of general stress response in Bacilli group (постер)
• A. E. Kazakov, E. A. Permina, O. V. Kalinina and M. S. Gelfand. Regulation of heavy metal resistance in Eubacteria (постер)
• R. Nurtdinov, A. Neverov, D. Malko, I. Kosmodemiansky, A. Mironov. EDAS: EST-derived alternative splicing database (постер)
• O. Koborova, O. Kalinina, A. Rakhmaninova. Analysis of functional specificity of LacY proton/sugar symport family permeases (постер)
• S. Denisov, D. Klimov, M. Skoblov, S. Borinskaya, N. Yankovsky, A. Mironov. Is there correlation between the level of transcription and SNP density in the human genome? (постер)
• D. Rodionov, P. Hebbeln, M. Gelfand, and T. Eitinger. Comparative and functional genomic analysis of prokaryotic nickel and cobalt uptake transporters (постер)
• N.S. Sadovskaya. Identification of transmembrane segments in Fad L and its orthologs using HMM-B2TMR (постер)
• I. Artamonova, G. Frishman, M.S. Gelfand and D. Frishman.. Application of the association rules mining to the correction of annotation errors (доклад)
• L. Danilova, D. Pervouchine, A. Favorov, A. Mironov. RNAKinetics: a web server that models secondary structure kinetics of an elongating RNA (постер)

M.S. Gelfand. Evolution of alternative splicing. Семинары в Berlex, Inc. (Ричмонд, США) и Fox Chase Cancer Center (Филадельфия, США), июнь 2005

Е.А. Котельникова. Эволюция участков связывания бактериальных факторов транскрипции в последовательностях ДНК. (физ. фак. МГУ, Москва - защита диссертации к.ф.-м.н / биофизика), 23 июня 2005, н.рук. МС. Гельфанд


Школа молодых ученых "Cравнительная геномика"; Севастополь, Украина; Июнь 2005
М.С. Гельфанд Распознавание генов (лекция)
М.С. Гельфанд Функциональная аннотация генов (лекция)
Г. Ковальова Дослідження дріжджових геномів з використанням множинних вирівнюваннь (постер)
Е.О. Ермакова Быстрая эволюция альтернативно сплайсируемых областей генов человека (постер)
С.В. Денисов Консервативность сигнала регуляции альтернативного сплайсинга UGCAUG в геномах человека и мыши (постер)
Н.С. Садовская Анализ программы HMM-B2TMR на примере белка fadL и его ортологов (постер)
А. Казаков, Е. Пермина, О. Калинина Регуляция устойчивости к тяжелым металлам у эубактерий (постер)
А.Е. Казаков Солевой стресс и регуляция синтеза жирных кислот у протеобактерий (постер)
Р.А. Сутормин Подход к предсказанию мембранной разметки последовательностей транспортных белков при помощи их попарных выравниваний (постер)
И.А. Космодемьянский Классификация библиотек сиквенсных маркеров экспрессии по тканеспецифичности их происхождения (постер)
Е.Д. Ставровская ClusterTree-RS: программа кластеризации регуляторных сигналов с помощью бинарного дерева (постер)

Meeting of HHMI International Research Scholars (Merida, Mexica June 2005)
• Герасимова А.В, Казаков А.Е, Котельникова Е.А, Ковалева Г.Ю, Лайкова О.Н, Миронов А.А, Равчеев Д.А, Родионов Д.А, Гельфанд М.С.
Functional annotation and metabolic reconstruction of bacterial genomes, and evolution of regulatory systems (poster)

Д.А. Родионов. Comparative genomic analysis of nickel and cobalt transport in bacteria. Семинар в Institute of Biology, Humboldt University (Берлин, Германия, май 2005)

Симпозиум "Биоинформатика в создании инновационных лекарств"
(XII Российский национальный конгресс "Человек и лекарство")(Москва, апрель 2005)
• М.С. Гельфанд. Сравнительная геномика и метаболическая реконструкция бактериальных патогенов (приглашенный доклад)

Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных "Ломоносов-2005"
• Е.Д. Ставровская. ClusterTree: программа кластеризации регуляторных сигналов с помощью бинарного дерева (доклад)
• Л.В. Сычева. SOS-регуляция в эубактериях (диплом за лучший доклад)
• С.К. Гарушянц. Компьютерный анализ регуляции биосинтеза триптофана в геномах архей (стендовый доклад)
• А.В. Герасимова. Изучение эволюции регуляции транскрипции в близкородственных геномах на примере NadR регулона в Enterobacteriaceae (стендовый доклад)
• Е.О. Ермакова. Положительный отбор в альтернативных областях альтернативно сплайсируемых генов человека (диплом за лучший стендовый доклад)
• Г.Ю. Ковалева. Исследование дрожжевых геномов с использованием множественных выравниваний (стендовый доклад)
• О. Коборова. Анализ аминокислотных остатков, определяющих различия в функциональной специфичности белков семейства гуанилат- и аденилатицклаз с помощью метода SDPpred (стендовый доклад)
• Д.А. Равчеев. Исследование регуляции нитрат-нитритного дыхания гамма-протеобактерий методами сравнительной геномики (стендовый доклад)

Annual Meeting of the Italian Bioinformatics Society BITS-2005 (Милан, Италия, март 2005)
• M.S. Gelfand. Comparative genomics (обзорная лекция)
• M.S. Gelfand. Riboswitches: possibly the oldest regulatory system (приглашенный доклад)
• G.Yu. Kovaleva, G. Bazykin, M. Brudno, M. Gelfand. Conservation rate of transcription factor binding sites in Saccharomyces genomes (стендовый доклад)
• E.D. Stavrovskaya, A.Mironov. Binary tree for clustering of regulatory signals (стендовый доклад)

A. Gerasimova. Comparative genomics analysis of respiration switches in gamma-proteobacteria.
Семинар в NRC (National Institute for Medical Research) (Лондон, Великобритания, январь 2005)

M.S. Gelfand. Riboswitches: the oldest regulatory system? Семинар в INRA (Париж, Франция, декабрь 2004)

International BCB Workshop on Gene Annotation Analysis & Alternative Splicing (Берлин, Германия, декабрь 2004)
• M.S.Gelfand. Evolution of alternative splicing

M.S. Gelfand. Evolution of bacterial regulatory systems.
Семинар в Institute of Bioinformatics GSF (Мюнхен, октябрь 2004)

12th Int. Conf. on Intelligent Systems for Molecular Biology ISMB’2004 (Глазго, Великобритания, август 2004)
• O.V. Kalinina, P.S.Novichkov, A.A.Mironov, M.S.Gelfand, A.B.Rakhmaninova. SDPpred: a method for prediction of amino acid residues that determine differences in functiona lspecificity of homologous proteins (стендовый доклад)
• A.V. Gerasimova, D.A.Ravcheev, A.B.Rakhmaninova, M.S.Gelfand.
   Computer analysis of aerobic-anaerobic regulation in gamma-proteobacteria (стендовый доклад)

Международная конференция “Bioinformatics of Genome Structure and Regulation” BGRS’2004 (Новосибирск, июль 2004)
• Kalinina O.V., Novichkov P.S., Mironov A.A., Gelfand M.S., Rakhmaninova A.B. SDPPRED: A METHOD FOR PREDICTION OF AMINO ACID RESIDUES THAT DETERMINE DIFFERENCES IN FUNCTIONAL SPECIFICITY OF HOMOLOGOUS PROTEINS (доклад)
• Gerasimova A.V., Ravcheyev D.A., Gelfand M.S., Rakhmaninova A.B. COMPLEX ANALYSIS OF RESPIRATION SWITCH IN GAMMA-PROTEOBACTERIA (доклад)
• M.S.Gelfand. EVOLUTION OF BACTERIAL REGULATORY SYSTEMS (доклад)
• Denisov S.V., Gelfand M.S. CONSERVATION OF ALTERNATIVE SPLICING REGULATORY SIGNAL UGCAUG IN MOUSE AND HUMAN GENOMES (стендовый доклад)
• Favorov,A.V., Gelfand,M.S., Gerasimova,A. V., Mironov,A.A., Makeev,V.J. GIBBS SAMPLER FOR IDENTIFICATION OF SYMMETRICALLY STRUCTURED, SPACED DNA MOTIFS WITH IMPROVED ESTIMATION OF THE SIGNAL LENGTH AND ITS VALIDATION ON THE ArcA BINDING SITES (доклад)
• Kazakov A.E., Kalinina O.V., Permina E.A., Gelfand M.G Bacterial metal resistance systems regulated by transcription regulators of the MerR family (стендовый доклад)
• E.D.Stavrovskaya, A.A.Mironov. Binary tree for clustering of regulatory signals (стендовый доклад)
• I.A.Kosmodemiansky, M.S.Gelfand, A.A.Mironov. Classification of EST libraries by tissue specificity and cell origin (стендовый доклад)
• Kovaleva G.Y., Mironov A.A., Gelfand M.S. The conservation of transcription factor-binding sites in Saccharomyces genomes (стендовый доклад)
• M.S.Gelfand. EU-NIS Partnering in Bio-Informatics (invited talk at a special session)

8th Meeting of the European Calcium Society (Кембридж, Великобритания, июль 2004)
• A.B. Rakhmaninova, O.V. Kalinina, A.A. Minin. Discriminative sites in conserved core of diferent annexin subfamilies of vertebrates (стендовый доклад)

Second International Conference "Genomics, Proteomics and Bioinformatics for Medicine" (Москва, июль 2004)
• M.S. Gelfand. COMPARATIVE GENOMICS OF BACTERIAL REGULATORY SYSTEMS AND ITS MEDICAL APPLICATIONS (приглашенный доклад)

Meeting of HHMI International Research Scholars (Таллин, Эстония, июль 2004)
• M.S. Gelfand, A.V. Gerasimova, A.E. Kazakov, E.A. Kotelnikova, O.N. Laikova, A.A. Mironov, E.A. Permina, D.A. Ravcheev, D.A. Rodionov, A.G. Vitreschak. Comparative genomics, metabolic reconstruction, and analysis of regulation in bacterial genomes (доклад)

3-й съезд биофизиков России (Воронеж, июнь 2004)
• Д.А.Равчеев (доклад)

3-й съезд ВОГиС "Генетика в XXI веке: современное состояние и перспективы развития". (Москва, июнь 2004)
• М.С. Гельфанд. Сравнительная геномика и метаболическая реконструкция: что можно сказать об организме, зная только его геном? (приглашенный доклад)
• А.А. Миронов. Геномика, биоинформатика и РНК-регуляция (приглашенный доклад)

12 Международная конференция «СПИД, рак и родственные проблемы» (Санкт-Петербург, май 2004)
• М.С. Гельфанд. Эволюция альтернативного сплайсинга (приглашенный доклад)

Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2004» (Москва, апрель 2004)
• О.В. Калинина, М.С. Гельфанд, А.А. Миронов, А.Б.Рахманинова. Аминокислотные остатки, образующие специфические контакты между субъединифами при образовании тетрамера мембранного канала GlpF (Премия за лучший доклад)
• Г.Ю. Ковалева, В.Ю. Макеев, М.С. Гельфанд. Компьютерный анализ GCN4-регулона дрожжей Saccharomyces cerevisiae и Candida albicans (стендовый доклад)
• Равчеев Д.А., Герасимова А.В. , Рахманинова А.Б., Гельфанд М.С. Исследование регуляции дыхания протеобактерий методами сравнительной геномики (диплом за лучший доклад)

Д. Родионов. Сравнительная геномика биосинтеза аминокислот у бактерий: разнообразие регуляторных систем.
Московский семинар по биоинформатике (март 2004)

О. Калинина. Выделение позиций, определяющих функциональную специфичность белков – метод и применение к анализу
факторов терминации трансляции бактерий. Семинар в Институте молекулярной биологии РАН (Москва, январь 2004)

А. ахманинова. Выделение позиций, определяющих функциональную специфичность белков, по множественным выравниваниям.
Семинар в Институте бeлка РАН (Пущино, январь 2004)

Научная сессия Отделения информационных технологий и вычислительных систем РАН
«Информационные технологии в биологии (биоинформатика)» (Москва, январь 2004)
• М.С. Гельфанд. Сравнительная геномика: от функций отдельных генов к реконструкции метаболизма бактерий (приглашенный доклад)
• А.А. Миронов. Альтернативный сплайсинг как механизм порождения функционального разнообразия белков (приглашенный доклад)