Учебно-научный центр "Биоинформатика" был образован в составе Института проблем передачи информации РАН в конце 2003 года.

Основные направления исследований сотрудников центра – это:

• сравнительная геномика;
• функциональная аннотация генов и белков;
• методы и алгоритмы идентификации регуляторных сигналов;
• метаболическая реконструкция и моделирование;
• метагеномика;
• эволюция метаболических путей и регуляторных систем;
• альтернативный сплайсинг и его эволюция;>
• анализ пространственных структур белков, РНК, белок-нуклеиновых комплексов.

Среди основных научных результатов Центра:

• оригинальная методика сравнительного анализа регуляторных сигналов в геномах прокариот;
• обнаружение нового типа регуляторных сигналов – РНК-переключателей;
• описание новых ферментов, транспортеров, регуляторов (многие предсказания были затем проверены   и подтверждены в экспериментальных работах дружественных лабораторий и независимо);
• доказательство относительно слабой консервативности альтернативно сплайсируемых изоформ генов млекопитающих и насекомых;
• разработка и реализация в качестве Интернет-сервера алгоритма выделения позиций, определяющих функциональную специфичность белков в больших семействах;
• разработка алгоритмов идентификации генов в геномах прокариот и эукариот.

Сотрудники Центра разрабатывают учебные планы, курсы лекций, сборники упражнений по биоинформатике, читают лекции и ведут занятия на Факультете биоинженерии и биоинформатики Московского государственного университета им. М.В.Ломоносова.