Факультет Биоинженерии и Биоинформатики
Официальный Сайт
Неофициальный Сайт

Вернуться на основную страницу раздела "Обучение"

Весна 2014. Сравнительная геномика и системная биология

ФББ, ШАД, осенний семестр 2012
Введение в алгоритмы

ФББ, ШАД весенний семестр 2013
Биоинформатика последовательностей

Семестр I
Компьютерная грамотность (А.Б. Рахманинова, А.В. Алексеевский, А.В. Головин, С.А. Спирин)

Семестр II
Сравнение биологических текстов на примере аминокислотных последовательностей (А.Б. Рахманинова, П.С. Новичков)

Семестр III
Распознавание генов (Е.О. Ермакова)
Распознавание сайтов (Е.О. Ермакова)
Нуклеиновые кислоты (А.Б. Рахманинова, А.В. Головин, С.А. Спирин)

Введение в Молекулярную Биологию (М.С. Гельфанд)
• Часть 1 — структуры
• Часть 2 — функции
• Часть 3 — регуляция
• Часть 4 — дополнения

Семестр IV
Информатика. Алгоритмы (А.А. Миронов)
Информатика. Программирование (А.А. Миронов, Р.А. Сутормин, Е.Д. Ставровская)

Семестр V
Информатика. Программирование (А.А. Миронов)

Семестр VI
Алгоритмы биоинформатики (А.А. Миронов)

Семестр VII
Сравнительная геномика (М.С. Гельфанд)

Семестр IX
Часть 1. Эволюционная геномика (Г.А. Базыкин)

Семестр X
Часть 2. Медицинская геномика (В.Е. Раменский)

Семестр X, МФТИ, кафедра проблем передачи и обработки информации
Информационные процессы в живых системах (М.С. Гельфанд)

Спецкурс "Генетика развития" (UC, Daris), весна 2006 г.
Эмбриологические механизмы эволюции (Артем Копп)
Популяционная генетика и молекулярная эволюция, (Сергей Нуждин)
Bruce Rannala

Научное руководство:
- Н.С. Садовская, к.б.н. (биоинформатика), н.рук. МС. Гельфанд. равнительный геномный анализ систем метаболизма длинноцепочечных жирных кислот и мембранных белков гамма-протеобактерий (ИППИ РАН, 30.05.2012).
- Л.А. Мамирова, к.б.н. (биоинформатика), н.рук. МС. Гельфанд. Эффективность очищающего отбора в геномах митохондрий и протеобактерий (ИППИ РАН, 10.12.2009).
- В.А. Сорокин, к.б.н. (биоинформатика), н.рук. МС. Гельфанд. Сравнительно-геномный анализ бактериального иммунитета (ИППИ РАН, 10.12.2009).
- Д.А. Равчеев, к.б.н. (биоинформатика), н.рук. МС. Гельфанд. Изучение эволюции регуляторных систем прокариот методами сравнительно-геномного анализа (ИППИ РАН, 11.06.2009).
- Р.Н. Нуртдинов, к.ф.-м.н. (биоинформатика), н.рук. АА. Миронов. Эволюция альтернативного сплайсинга генов млекопитающих (ИППИ РАН, 13.11.2008).
- Е.О. Ермакова, к.б.н. (биоинформатика), н.рук. МС. Гельфанд. Особенности эволюции различных функциональных областей альтернативно сплайсируемых генов эукариот (ИППИ РАН, 13.11.2008).
- Г.Ю. Ковалева, к.б.н. (биоинформатика), н.рук. МС. Гельфанд. Анализ регуляции генов метаболизма и транспорта метионина и лейцина методами сравнительной геномики (ИППИ РАН, 30.10.2008).
- Е.Д. Ставровская, к.ф.-м.н. (биоинформатика), н.рук. АА. Миронов. Компьютернае методы массового анализа регуляции транскрипции в бактериях. (ИППИ РАН, 30.10.2008).
- О.В. Калинина, к.ф.-м.н. (молекулярная биология), н.рук. МС. Гельфанд. Аминокислотные остатки, определяющие специфичность в больших семействах белков (ИМБ, Москва, 24.05.2007).
- Р.А. Сутормин, к.ф.-м.н. (биофизика), н.рук. АА. Миронов. Использование вероятностных методов для анализа аминокислотных последовательностей мембранных белков. (ИТЭБ РАН, Пущино, 22.03.2007).
- А. Неверов, к.б.н. (молекулярная биология), н.рук. АА. Миронов. Компьютерный анализ сплайсинга. (ГосНИИГенетика, Москва, 6.03.2007).
- А.В. Герасимова, к.б.н. (молекулярная биология), н.рук. МС. Гельфанд. Анализ регуляции транскрипции генов дыхания в гамма-протеобактериях методами сравнительной геномики. (ГосНИИГенетика, Москва, 25.05.2006).
- Е.А. Пермина, к.б.н. (молекулярная биология), н.рук. МС. Гельфанд. Изучение регулонов бактериального стресса методами сравнительной геномики. (ГосНИИГенетика, Москва, 25.05.2006).
- Е.А. Котельникова, к.ф.-м.н (биофизика), н.рук. МС. Гельфанд и ВЮ. Макеев. Эволюция участков связывания бактериальных факторов транскрипции в последовательностях ДНК. (23.06.2005, физ. фак. МГУ).

Аспиранты
• ИППИ
- И. Жаров (н.рук. М.С. Гельфанд)
- Р. Солдатов (н.рук. А.А. Миронов)
- И. Суворова (н.рук. М.С. Гельфанд) Ко-эволюция факторов транскрипции семейства FadR и узнаваемых ими мотивов
- С. Лейн (н.рук. Д.А. Родионов, М.С. Гельфанд)
• ФББ МГУ
- С. Виноградова (н.рук. А.А.Миронов)
- А. Артемов (н.рук. А.А.Миронов)
- Е. Храмеева (н.рук. А.А. Миронов, М.С. Гельфанд) Пространственная и функциональная организация генов и хроматина
- Ю. Коростелев (н.рук. А.Б. Рахманинова, М.С. Гельфанд) Эволюция белок-ДНКовых взаимодействий
- А. Заика (н.рук.М.С. Гельфанд) Положительный отбор в альтернативно сплайсируемых участках генов
- Е. Климук (н.рук. К.В.Северинов и М.С. Гельфанд)
- О. Цой (н.рук. М.С. Гельфанд)

• ИОГен
- Е. Гордиенко (н.рук. И.И. Артамонова, М.С. Гельфанд) Эволюция пангеномов

Архив учебных курсов

Студенческие проекты 2012-2013 г.
Студенческие проекты 2011-2012 г.
Студенческие проекты 2010-2011 г.
Студенческие проекты 2009-2010 г.
Студенческие проекты 2008-2009 г.
Студенческие проекты 2007-2008 г.
Студенческие проекты 2006-2007 г.
Студенческие проекты 2005-2006 г.
Студенческие проекты 2004-2005 г.

Семинары:
• М.С. Гельфанд Сравнительная Геномика (Annual Meeting of the Italian Bioinformatics Society BITS-2005. Milan, Italy, March 2005)
• А.А. Миронов Биоинформатика. Лекция по курсу "Основы биологии", 1 курс ФМБФ МФТИ (2004-2005 уч.г.)
• М.С. Гельфанд Узнавание регуляторных сигналов (NATO ASI school. San-Miniato, Italy, October 2001)

Лекции в рамках межфакультетского курса биоинформатики МГУ
• М.С. Гельфанд Распознавание генов
• М.С. Гельфанд Поиск сигналов в биологических последовательностях
• М.С. Гельфанд Сравнительная геномика - 1
• М.С. Гельфанд Сравнительная геномика - 2
• А.А. Миронов Предсказание вторичной структуры РНК